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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】势能为正值

请教个问题,跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的,这怎么解释啊?

势能图如下:
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+5): 2010-09-05 08:31:50
lei0736(金币+8):谢谢 2010-09-05 09:33:36
通常来说,许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲,一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子,即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态,这个过程如果是自发的,能量应是减小,所以凝聚系平衡势能常是负值。尤其是金属体系,基本上应该都是负值。但如果是分子体系,由于势能毕竟只是自由能的一部分,而且对于通过拟合体系性质得到的经验势来说,它的势能零点有时候好像也不是特别清楚,不一定是孤立原子,比如我们拟合时常常只关心势函数的一阶导和二阶导数,或者我们只关心各原子混合性质等等,所以出现势能为正的情况,倒也不见得违背什么原则。事实上,假如处理一个分子体系,它的势函数模型中包含了分子内的部分,因为常见的分子内的势函数,三体势和四体势(二面角)都经常选择为正的形式(如K*(theta-theta0)^2这种),而分子间斥力、色散力等自然也都是正的,那么总势能也将是有可能大于零的。

总之,对于分子体系,如果计算中不出现什么异常情况,我觉得势能大于零也可以被接受。一句话,如果是负值,更让人放心一些,如果是正值,假如仔细核对无误,而且计算中无异常,可以生成合理的结构,得到合理的性质,那就不要追究势能正负的问题了。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-9-4 at 18:58 ]

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11楼2010-09-04 18:54:27
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查看全部 17 个回答

345320587

银虫 (初入文坛)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-02 19:46:09
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:01
你跑的是个什么体系?我从前跑过肽段,得到的势能也是正值,是没有问题的 不过看你的势能值貌似也太高了点了啊 是不是计算方面有什么错误呢~
2楼2010-09-02 16:37:45
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 19:46:16
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:08
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-02 10:45:00:
请教个问题,跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的,这怎么解释啊?

你可以先考虑下这个问题:

势能为什么不能是正的?

然后是:

你模拟的体系中势能由哪些部分组成?
3楼2010-09-02 17:23:27
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043114076

木虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 22:10:43
shengxiang(金币+1): 2010-09-03 21:36:13
4楼2010-09-02 20:32:45
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