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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】势能为正值
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】势能为正值

请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

势能图如下：
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1楼 2010-09-02 10:45:00
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:51:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:37:07
我跑的是醇体系，那要是计算中可能有错误的话，会出现在哪个环节呢？哪些参数？...

请问楼主，这个问题你后来是怎么解决的，我也遇到类似问题，模拟的是环己烷的一个体系，势能总是正值~
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
17楼2014-05-07 09:19:16
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345320587

银虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-02 19:46:09
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:01
你跑的是个什么体系？我从前跑过肽段，得到的势能也是正值，是没有问题的 不过看你的势能值貌似也太高了点了啊 是不是计算方面有什么错误呢~
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-09-02 16:37:45
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 19:46:16
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:08
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-02 10:45:00:
请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

你可以先考虑下这个问题：

势能为什么不能是正的？

然后是：

你模拟的体系中势能由哪些部分组成？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-09-02 17:23:27
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 22:10:43
shengxiang(金币+1): 2010-09-03 21:36:13
看一下这个帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2297056
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-09-02 20:32:45
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查看全部 17 个回答
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