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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】势能为正值
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】势能为正值

请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

势能图如下：
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1楼 2010-09-02 10:45:00
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
shengxiang(金币+1): 2010-09-05 08:29:41
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-05 09:33:16
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:39:31:



是这样的，我的体系中只有醇，我算的这个势能是用GROMACS中的g_energy选择势能“potentia”，我看文献中求出的势能都是负的~这个势能是以什么为标准呢？可能是正的吗？请不吝赐教~万分感谢~l

最简单的LJ势能就可以是正值
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10楼2010-09-04 14:34:16
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查看全部 17 个回答

345320587

银虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-02 19:46:09
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:01
你跑的是个什么体系？我从前跑过肽段，得到的势能也是正值，是没有问题的 不过看你的势能值貌似也太高了点了啊 是不是计算方面有什么错误呢~
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2楼2010-09-02 16:37:45
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 19:46:16
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:08
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-02 10:45:00:
请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

你可以先考虑下这个问题：

势能为什么不能是正的？

然后是：

你模拟的体系中势能由哪些部分组成？
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3楼2010-09-02 17:23:27
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 22:10:43
shengxiang(金币+1): 2010-09-03 21:36:13
看一下这个帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2297056
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4楼2010-09-02 20:32:45
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