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amynihao

金虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】很奇怪的能量，温度曲线。

我用MS软件中的discover跑动力学，跑了100ps，最后出来的能量曲线和温度曲线如下图，从图可以看出温度和能量已经几乎不变了，看来体系已经平衡了，但是为什么能量却变大了，不是应该能量最低状态才是平衡态吗？而且温度下降了。好奇怪的现象，希望大家帮忙解释一下原因吧，谢了。
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1楼 2011-01-25 10:37:08
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wally8962

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:53:35
NVE？要看总能量而不是某项。
potential energy 和Nonbond都变小了。很正常。
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2楼2011-01-25 11:20:28
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amynihao

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-01-25 11:20:28:
NVE？要看总能量而不是某项。
potential energy 和Nonbond都变小了。很正常。

不是NVE。是NVT.potential energy 和Nonbond都变大了啊，你怎么说变小了呢。
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3楼2011-01-25 11:26:56
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wally8962

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:53:42
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:18
严格点说，两个能量都变低了。
你别看绝对值
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4楼2011-01-25 11:58:42
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qphll

金虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+10): 谢谢 2011-02-05 20:53:55
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:27
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2011-01-25 10:37:08:
我用MS软件中的discover跑动力学，跑了100ps，最后出来的能量曲线和温度曲线如下图，从图可以看出温度和能量已经几乎不变了，看来体系已经平衡了，但是为什么能量却变大了，不是应该能量最低状态才是平衡态吗？而 ...

仔细盯着看了你的图, 超过一分钟, 也愣是没有明白你是怎么从图中看出"能量变大", "温度减小"的结论.

Anyway, 几点考虑一下:

(1) 不管你的体系怎样, 不管你是NVT还是NVE, 100ps似乎有些太短了.
(2) 看是否到达平衡, 不需要将 E vs. t 从头到尾都在图上体现出来. 否则, 你看看你的Y轴, 两个点之间的能量差是500Kcal/mol, 所以就算你看起来是一条直线了, 也还是伪直线, 说不定震荡还是在 200Kcal/mol左右. 同理, 温度的震荡在你的scale下很难判断.

所以,

(a) 尝试跑个300ps的dynamics, 用作平衡体系(我假设你的体系不是很大, 体系比较容易到达平衡);
(b) 在(a)基础上再跑5ps, 统计能量和温度(我再假设你的步长在10fs左右, 那么5ps能给你带来500组数据, 应该比较直观见效了).

[ Last edited by qphll on 2011-1-25 at 13:16 ]
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5楼2011-01-25 13:15:23
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:54:23
amynihao(金币+10): 2011-07-24 11:45:34
拿时间滚动平均值出来比较更容易看出趋势。
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6楼2011-01-26 11:32:52
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倚天舰

木虫 (小有名气)
★
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amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:40
楼主的意思是不是说初始时的势能是接近-73000，而平衡之后是不到-71500，因此你觉着能量变大了是么？我也有这样的疑问啊。不知道楼主解决了这个问题没
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7楼2011-07-23 11:10:41
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supermicro

新虫 (初入文坛)
amynihao(金币+25): 2011-07-24 11:46:00
??
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8楼2011-07-24 11:43:01
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