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【讨论】很奇怪的能量，温度曲线。
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我用MS软件中的discover跑动力学，跑了100ps，最后出来的能量曲线和温度曲线如下图，从图可以看出温度和能量已经几乎不变了，看来体系已经平衡了，但是为什么能量却变大了，不是应该能量最低状态才是平衡态吗？而且温度下降了。好奇怪的现象，希望大家帮忙解释一下原因吧，谢了。 |
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2楼2011-01-25 11:20:28
3楼2011-01-25 11:26:56
4楼2011-01-25 11:58:42
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10): 谢谢 2011-02-05 20:53:55
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:27
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ghcacj(金币+10): 谢谢 2011-02-05 20:53:55
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:27
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仔细盯着看了你的图, 超过一分钟, 也愣是没有明白你是怎么从图中看出"能量变大", "温度减小"的结论. Anyway, 几点考虑一下: (1) 不管你的体系怎样, 不管你是NVT还是NVE, 100ps似乎有些太短了. (2) 看是否到达平衡, 不需要将 E vs. t 从头到尾都在图上体现出来. 否则, 你看看你的Y轴, 两个点之间的能量差是500Kcal/mol, 所以就算你看起来是一条直线了, 也还是伪直线, 说不定震荡还是在 200Kcal/mol左右. 同理, 温度的震荡在你的scale下很难判断. 所以, (a) 尝试跑个300ps的dynamics, 用作平衡体系(我假设你的体系不是很大, 体系比较容易到达平衡); (b) 在(a)基础上再跑5ps, 统计能量和温度(我再假设你的步长在10fs左右, 那么5ps能给你带来500组数据, 应该比较直观见效了). [ Last edited by qphll on 2011-1-25 at 13:16 ] |
5楼2011-01-25 13:15:23
6楼2011-01-26 11:32:52
7楼2011-07-23 11:10:41
8楼2011-07-24 11:43:01
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