24小时热门版块排行榜    

查看: 2086  |  回复: 7

amynihao

金虫 (正式写手)


[交流] 【讨论】很奇怪的能量,温度曲线。

我用MS软件中的discover跑动力学,跑了100ps,最后出来的能量曲线和温度曲线如下图,从图可以看出温度和能量已经几乎不变了,看来体系已经平衡了,但是为什么能量却变大了,不是应该能量最低状态才是平衡态吗?而且温度下降了。好奇怪的现象,希望大家帮忙解释一下原因吧,谢了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:53:35
NVE?要看总能量而不是某项。
potential energy 和Nonbond都变小了。很正常。
2楼2011-01-25 11:20:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amynihao

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-01-25 11:20:28:
NVE?要看总能量而不是某项。
potential energy 和Nonbond都变小了。很正常。

不是NVE。是NVT.potential energy 和Nonbond都变大了啊,你怎么说变小了呢。
3楼2011-01-25 11:26:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:53:42
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:18
严格点说,两个能量都变低了。
你别看绝对值
4楼2011-01-25 11:58:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10): 谢谢 2011-02-05 20:53:55
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:27
引用回帖:
Originally posted by amynihao at 2011-01-25 10:37:08:
我用MS软件中的discover跑动力学,跑了100ps,最后出来的能量曲线和温度曲线如下图,从图可以看出温度和能量已经几乎不变了,看来体系已经平衡了,但是为什么能量却变大了,不是应该能量最低状态才是平衡态吗?而 ...

仔细盯着看了你的图, 超过一分钟, 也愣是没有明白你是怎么从图中看出"能量变大", "温度减小"的结论.

Anyway, 几点考虑一下:

(1) 不管你的体系怎样, 不管你是NVT还是NVE, 100ps似乎有些太短了.
(2) 看是否到达平衡, 不需要将 E vs. t 从头到尾都在图上体现出来. 否则, 你看看你的Y轴, 两个点之间的能量差是500Kcal/mol, 所以就算你看起来是一条直线了, 也还是伪直线, 说不定震荡还是在 200Kcal/mol左右. 同理, 温度的震荡在你的scale下很难判断.

所以,

(a) 尝试跑个300ps的dynamics, 用作平衡体系(我假设你的体系不是很大, 体系比较容易到达平衡);
(b) 在(a)基础上再跑5ps, 统计能量和温度(我再假设你的步长在10fs左右, 那么5ps能给你带来500组数据, 应该比较直观见效了).

[ Last edited by qphll on 2011-1-25 at 13:16 ]
5楼2011-01-25 13:15:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:54:23
amynihao(金币+10): 2011-07-24 11:45:34
拿时间滚动平均值出来比较更容易看出趋势。
6楼2011-01-26 11:32:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倚天舰

木虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
amynihao(金币+5): 2011-07-24 11:45:40
楼主的意思是不是说初始时的势能是接近-73000,而平衡之后是不到-71500,因此你觉着能量变大了是么?我也有这样的疑问啊。不知道楼主解决了这个问题没
7楼2011-07-23 11:10:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supermicro

新虫 (初入文坛)


amynihao(金币+25): 2011-07-24 11:46:00
??
8楼2011-07-24 11:43:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 amynihao 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:40 by o3EMxHUAQDtS
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 4/200 2026-09-01 01:30 by o3EMxHUAQDtS
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:12 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见