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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 体系静电势能可以用什么软件计算
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)

[交流] 体系静电势能可以用什么软件计算

请问各位，要计算整个体系分子动力学模拟后的静电势能可以通过什么方法得到呢？看到有很多文献做了关于静电势能的分析，如图中的纵坐标所示。这种类似的参数有软件可以计算吗？
体系静电势能可以用什么软件计算

[ Last edited by 夏天的鱼 on 2013-5-19 at 18:29 ]
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1楼 2013-05-19 18:27:04
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asdry

木虫 (职业作家)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
祝楼主诸事顺利，万事如意！
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2楼2013-05-19 19:04:56
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wlscj

木虫之王 (文坛精英)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
只要是计算软件都能算吧，关键不还是对应啥样的物理模型？总有个数学描述吧，然后就可以计算了吧

有了数据，画啥样图，画图软件很多~
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3楼2013-05-19 20:00:54
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
查一查文献哦~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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4楼2013-05-19 20:52:08
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wlscj at 2013-05-19 20:00:54
只要是计算软件都能算吧，关键不还是对应啥样的物理模型？总有个数学描述吧，然后就可以计算了吧

有了数据，画啥样图，画图软件很多~

分子动力学模拟的轨迹文件，想计算每一步结果体系的中蛋白质的静电势能，就像图上的所显示的，请问可以怎么算？
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5楼2013-05-20 08:34:39
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
这个很简单 你先用分析工具把能量提取出来 基本所有动力学软件都有自带的能量分析工具 你就把你感兴趣的静电势能提取出来就好了
然后再用做图软件去做就行了 origin matlab神马的肯定都没问题
但是有个问题在于你的横纵坐标的选择 上图应该是只针对分子的一个键做的分析吧 可以给出距离和键角 对于蛋白质没有这么简单的因子可以表征的

[ Last edited by yaozhq on 2013-5-20 at 09:50 ]
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6楼2013-05-20 09:48:58
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夏天的鱼

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yaozhq at 2013-05-20 09:48:58
这个很简单 你先用分析工具把能量提取出来 基本所有动力学软件都有自带的能量分析工具 你就把你感兴趣的静电势能提取出来就好了
然后再用做图软件去做就行了 origin matlab神马的肯定都没问题
但是有个问题在于 ...

你好，我的问题现在是不知道用什么软件可以把能量提取出来，不知道高手所指的动力学软件包括哪些呢？amber里面可以吗？
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7楼2013-05-21 08:12:48
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fzp888666

新虫 (初入文坛)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
simion  软件可以试试
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15楼2013-09-30 10:11:15
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ustber

铁杆木虫 (正式写手)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏天的鱼 at 2013-05-21 08:12:48
你好，我的问题现在是不知道用什么软件可以把能量提取出来，不知道高手所指的动力学软件包括哪些呢？amber里面可以吗？...

自己写分析程
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16楼2013-09-30 12:20:48
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zhupiao0727

银虫 (小有名气)
★
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
兄弟可以给个simion的安装文件吗，谢谢！
weapon0727@foxmail.com
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17楼2013-11-03 16:24:42
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yxg_5688楼
2013-05-21 08:30   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
haixiawu9楼
2013-05-24 02:03   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
51102413510楼
2013-05-24 07:33   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
天涯201211楼
2013-05-24 07:58   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
miaojiabing12楼
2013-05-24 08:01   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
yezivskuye13楼
2013-05-24 08:04   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
boyuehu14楼
2013-05-24 08:11   回复  
夏天的鱼(金币+1): 谢谢参与
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