| 查看: 9139 | 回复: 23 | |||||||||||||||||
| 本帖产生 2 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||||||||||||||||
[交流]
关于势函数的求助
|
|||||||||||||||||
|
相信做分子模拟亲们都会用到势函数？ 但是请问大家的势函数参数如何取得的呢？ 我也相信有部分童鞋是查得文献，同时肯定也有部分童鞋是自己拟合的。 请问是通过什么方法或软件拟合呢？希望有详细的步骤和例子。 感谢大家！感谢虫子们！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 资源收集 | 分子动力学 | 分子模拟 | 模拟知识汇总 |
| MS 吸附模拟 | 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学 | 我学习计算的一些帖子 | 动力学模拟 |
| 模拟软件安装精华淘 | 动力学强帖 | 我的分享 | MS学习 |
| 力场 | 分子动力学 |
» 猜你喜欢
西安交大新媒学院副院长用撤稿论文结题
已经有7人回复
-
论文撤稿了
已经有9人回复
-
青B发送上会通知了吗
已经有10人回复
-
化学专业申博
已经有5人回复
-
招收2026级博士生
已经有5人回复
-
宿州学院学报
已经有3人回复
-
4,4二甲基联苯干啥用，有懂得吗
已经有3人回复
-
医学类期刊求推荐
已经有6人回复
-
26/27申博自荐
已经有10人回复
-
生活琐事由它去
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于吸附MD方面，跪求指导。
已经有7人回复
- 关于周期信号的收敛性的问题
已经有4人回复
- 空位迁移能的计算
已经有10人回复
- 请教吸附动力学拟合
已经有11人回复
- 势函数截断距离如何取？
已经有11人回复
- 请问势函数在lammps官网中怎么下载？
已经有6人回复
- 分子动力学势函数
已经有6人回复
- 离子迁移数的测定
已经有5人回复
- 拟和Cu-Al势函数
已经有6人回复
- 【求助】量子化学方法求amber力场参数
已经有10人回复
- 【求助】求 嵌入势函数 的物理解释
已经有4人回复
- 【求助】ms中如何假如势函数，比如EAM，比如自己修改过的势函数。
已经有12人回复
- 【求助】塑性与弹性势函数
已经有5人回复
- 【求助】关于ISIF的选择
已经有8人回复
- 【求助】MS建模导入lammps问题求救
已经有14人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
祝大家学业有成，工作顺利，生意兴隆
+1/939
-
公众号有偿招募推文
+1/484
-
中科院二区期刊Gels 组稿
+1/82
-
南京农业大学工学院博士招生 1个名额
+1/72
-
【急招】“双一流”高校-新能源材料课题组招收2026年秋季入学博士生1名(湘潭大学)
+1/40
-
【急招】“双一流”高校-新能源材料课题组招收2026年秋季入学博士生1名(湘潭大学)
+1/39
-
湖南师范大学(211)—招收材料专业“申请-考核”制博士（有光学经验者优先）
+1/32
-
安徽大学俞洋洋课题组招收化学方向博士生1人
+1/28
-
【急招】 北京工业大学 能动第二批博士申请-杰青课题组1-2名额，25日截止！！
+1/12
-
【截止2026年5月31日】石家庄铁道大学智能交通课题组诚招理工科背景博士
+1/12
-
南京农业大学2026年申请考核制博士招生：最后一批啦！
+1/11
-
紧急招收2026年秋季入学博士生1名（湘潭大学 固体废弃物低碳利用湖南省工程研究中心）
+1/10
-
上海交通大学化学化工学院张智涛课题组诚聘博士后
+1/9
-
能源电催化领域博士后招聘（高薪40万+）
+1/7
-
北理工国家杰青团队招博士后
+1/7
-
杭州师范大学博士后招聘
+1/6
-
深圳理工大学核酸药物递送与干细胞工程课题组科研助理教授和博士后招聘启事
+1/3
-
招聘激光增材制造方向专任教师
+1/2
-
【有偿访谈招募】高才通来港后，你过得还好吗？
+1/1
-
海南大学药学院陈家良课题组2026年招聘博后、副高
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+15, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-26 10:56:59
pengyong2010(金币+10): 2011-10-26 15:08:26
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+15, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-26 10:56:59
pengyong2010(金币+10): 2011-10-26 15:08:26
| 内容已删除 |
2楼2011-10-26 10:04:23
3楼2011-10-26 15:17:52
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-27 17:16:14
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-10-27 17:16:14
|
MS中的Gulp模块适合你。 看看手册吧。我也没用过。 晶体结构(a,b,c)4%的误差是稍微有点大。拟合力场晶体结构方面的偏差一般能达到2%以内，密度方面小于5%, 晶格能方面小于10%。因为必须考虑实验值也是有误差的。晶格能，蒸发焓这些实验值的误差也在10%左右，刻意弄成跟实验值完全一致没有必要，只要跟类似的物质比，结合能定性大小顺序符合即可； 另外，你还要问自己，即你要研究的问题是什么？这个问题需要多精确的晶格常数值？因为有时候你调了参数，看上去与实验值更接近了，可是一跑动力学，一升高温度，得到的结果反而更差。比如你现在要预测体积膨胀系数，那我建议你先用现在的参数跑一些模拟，得到一些结果，看看跟实验值的误差有多大。如果在5%以内是能够接受的。 初学者往往会产生错觉，以为分子模拟能真实再现所有原子过程并给出精确的实验结果。但其实经典力场本身是个十分粗糙的模型，它忽略了电子的运动，把原子看成是带电荷的球，分子间的作用通过一个简化的数学模型（Buckingham+coulomb）来表达，没有多体作用(可达~5%)，没有极化(可达1%)，请问你觉得这在多大程度上符合真实的原子结构和相互作用？一般来说， 我们使用分子力学模型并非是为了完全精确预测实验结果，而是来定性地研究某一性质的变化规律，或者现象背后的原子过程。即，关注相对值，而非绝对值。 我并不是不建议你调参数，相反我认为做模拟的都要尝试验证参数，可能的话通过拟合更多的实验数据来改进参数。但是在调参数的时候，要认识到力场模型的局限性，以及它的误差范围和精度范围。想像你拿的是一把最小刻度为cm的尺子，而两根棍子的长度差别是几个mm。你能得到精确的结果吗? [ Last edited by ChemiAndy on 2011-10-26 at 11:32 ] |
4楼2011-10-26 23:52:22
|
你好！你的回答让我茅塞顿开，非常感谢！ 我研究的是材料的缺陷，是化学缺陷，不是物理缺陷，举个例子吧：1、研究晶体中某个原子的取代，某个原子的空缺，某个原子离开自己的位置跑到间隙去了等等一系列的问题，然后计算这个过程产生的能量，再举个例子吧：2、当我向这个材料体系中去掺杂的时候，我要掺杂的离子（非常微量、基本不影响原材料体系的晶体结构）可能会占据原体系材料的那个位置，通过模拟计算得出能量值，然后就可以判断杂质离子可能会进入哪个位置，然后来指导我的实验。 在这种情况下，我在选取势参数（原材料体系的）的时候，验证参数的合理性，应该考虑它的哪些因素？比如晶格常数、弹性模量、密度、结合能等等，你觉得哪个最重要，其实我也知道研究不同的内容，要求的不一样。也就是说选取的势参数不可能同时保证晶格常数、弹性模量、密度、结合能都和实验值想符合，在这种情况下，你觉得我在判断势参数合理性时，最应该关注哪一个参考量呢？目前我只考虑了晶格常数这一个参考量。 |
5楼2011-10-27 09:53:02
6楼2011-10-27 20:26:07
7楼2011-10-27 20:55:26
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+20): 帮LZ代发金币20个 2011-10-28 09:37:17
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+20): 帮LZ代发金币20个 2011-10-28 09:37:17
|
你的问题主要是缺陷或取代造成的能量变化，当然能量信息对你来说是最重要的，不仅包括实验测定的晶格能，而且高级量子化学计算的粒子间相互作用能也是很重要的参考。结构虽然也很重要，但结构再好，能量算不对，一切白搭。 你的体系是“目标晶体+离子参杂”，我不知道你的目标晶体，貌似以静电相互作用为主。对于这样的体系，使用于分子力学来进行估算，应该是可行的，相信你已经看过类似的文献了。我觉得文献中之所以忍受4%的结构误差，很有可能是为了得到更好的能量数据。纯属猜测，你再仔细看看文献中参数是怎么来的。力场是模型，参数是整个研究是否合理的关键。 |
8楼2011-10-28 02:41:14
9楼2011-10-28 06:49:10
10楼2011-10-28 09:23:35
11楼2011-10-28 09:29:08
12楼2011-10-28 10:11:06
13楼2011-10-28 11:59:05
14楼2011-10-28 17:50:59
15楼2011-10-28 17:52:17
16楼2011-10-29 13:34:57
17楼2011-11-26 10:24:23
18楼2012-02-26 11:11:41
19楼2012-02-27 14:11:48
20楼2012-03-01 16:06:52
21楼2012-04-23 21:53:57
22楼2012-05-14 16:53:46
23楼2013-10-13 16:41:49
24楼2014-09-17 10:01:07