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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】量子化学方法求amber力场参数
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xinglaidor

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】量子化学方法求amber力场参数

用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！
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1楼2010-11-21 21:21:20
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abing_1981

至尊木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
感觉这个还要多参考文献吧.
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2楼2010-11-21 21:45:12
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boylc789

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
这个我看过有些是自己拟合出力场的
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3楼2010-12-16 15:51:32
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boylc789

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
但是我没看明白
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4楼2010-12-16 15:51:56
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boylc789

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
你可以搜搜中文的硕博论文
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5楼2010-12-16 15:52:25
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
如果你周围没有一个人是拟合力场这方面的专家，强烈建议你不要自己拟合参数，因为你很有可能犯一些非常低级的错误而不自知。 自己拟合参数，即使拟合出来也可能被审稿人鄙视，除非你有充分的证据表明你拟合的参数是合理的
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6楼2010-12-16 16:36:21
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4静电作用项。
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7楼2010-12-17 02:14:46
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-12-17 02:14:46:
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4 ...

1-4 的scale factor是个很麻烦的问题，好像有的是1/2，还有1/1.2，lz真要干得多读几篇拟合立场的文献，特别是amber要读一下amber的原始文献
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8楼2010-12-17 10:44:21
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zxl523

金虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！

你参数的单位是什么？请教一下，写写～～
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9楼2012-06-06 15:30:22
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zxl523

金虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！

跑散的结果是什么的了？？？
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10楼2012-06-06 15:31:46
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)
★
xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
我也想学学！
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11楼2012-12-17 15:58:46
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