24小时热门版块排行榜    

查看: 2143  |  回复: 10

xinglaidor

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】量子化学方法求amber力场参数

用量子化学方法计算力场的参数,我自己解了一套,可跑完动力学,都跑散了,可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教,谢过!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abing_1981

至尊木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
感觉这个还要多参考文献吧.
2楼2010-11-21 21:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
这个我看过有些是自己拟合出力场的
3楼2010-12-16 15:51:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
但是我没看明白
4楼2010-12-16 15:51:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
你可以搜搜中文的硕博论文
5楼2010-12-16 15:52:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinglaidor(金币+2):谢谢参与
如果你周围没有一个人是拟合力场这方面的专家,强烈建议你不要自己拟合参数,因为你很有可能犯一些非常低级的错误而不自知。 自己拟合参数,即使拟合出来也可能被审稿人鄙视,除非你有充分的证据表明你拟合的参数是合理的
6楼2010-12-16 16:36:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinglaidor(金币+2):谢谢参与
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义:
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同,amber用RESP,并且勿忘1-4静电作用项。
7楼2010-12-17 02:14:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xinglaidor(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-12-17 02:14:46:
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义:
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同,amber用RESP,并且勿忘1-4 ...

1-4 的scale factor是个很麻烦的问题,好像有的是1/2,还有1/1.2,lz真要干得多读几篇拟合立场的文献,特别是amber要读一下amber的原始文献
8楼2010-12-17 10:44:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxl523

金虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数,我自己解了一套,可跑完动力学,都跑散了,可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教,谢过!

你参数的单位是什么?请教一下,写写~~
9楼2012-06-06 15:30:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxl523

金虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数,我自己解了一套,可跑完动力学,都跑散了,可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教,谢过!

跑散的结果是什么的了???
10楼2012-06-06 15:31:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)



xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
我也想学学!
11楼2012-12-17 15:58:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xinglaidor 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +7 困于星晨 2026-03-17 9/450 2026-03-20 17:38 by 无懈可击111
[考研] 0703化学调剂 +10 妮妮ninicgb 2026-03-15 14/700 2026-03-19 22:59 by 学员8dgXkO
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 346求调剂[0856] +3 WayneLim327 2026-03-16 6/300 2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 0817调剂 +3 没有答案_ 2026-03-14 3/150 2026-03-19 09:51 by Xu de nuo
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 304求调剂 +4 ahbd 2026-03-14 4/200 2026-03-16 16:48 by 我的船我的海
[考研] 321求调剂 +5 大米饭! 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
信息提示
请填处理意见