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xinglaidor

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】量子化学方法求amber力场参数

用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！

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1楼2010-11-21 21:21:20

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abing_1981

至尊木虫 (著名写手)

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★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

感觉这个还要多参考文献吧.

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2楼2010-11-21 21:45:12

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boylc789

木虫 (著名写手)

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★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

这个我看过有些是自己拟合出力场的

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3楼2010-12-16 15:51:32

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boylc789

木虫 (著名写手)

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★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

但是我没看明白

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4楼2010-12-16 15:51:56

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boylc789

木虫 (著名写手)

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★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

你可以搜搜中文的硕博论文

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5楼2010-12-16 15:52:25

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coolrainbow

木虫 (著名写手)

★
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如果你周围没有一个人是拟合力场这方面的专家，强烈建议你不要自己拟合参数，因为你很有可能犯一些非常低级的错误而不自知。自己拟合参数，即使拟合出来也可能被审稿人鄙视，除非你有充分的证据表明你拟合的参数是合理的

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6楼2010-12-16 16:36:21

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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4静电作用项。

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7楼2010-12-17 02:14:46

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coolrainbow

木虫 (著名写手)

★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by sobereva at 2010-12-17 02:14:46:
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4 ...

1-4 的scale factor是个很麻烦的问题，好像有的是1/2，还有1/1.2，lz真要干得多读几篇拟合立场的文献，特别是amber要读一下amber的原始文献

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8楼2010-12-17 10:44:21

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