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xinglaidor

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】量子化学方法求amber力场参数

用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！

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1楼2010-11-21 21:21:20

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coolrainbow

木虫 (著名写手)

★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与

引用回帖:

Originally posted by sobereva at 2010-12-17 02:14:46:
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4 ...

1-4 的scale factor是个很麻烦的问题，好像有的是1/2，还有1/1.2，lz真要干得多读几篇拟合立场的文献，特别是amber要读一下amber的原始文献