应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】量子化学方法求amber力场参数
111/1返回列表
查看: 1979  |  回复: 10
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xinglaidor

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】量子化学方法求amber力场参数

用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2010-11-21 21:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abing_1981

至尊木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
感觉这个还要多参考文献吧.
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-11-21 21:45:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
这个我看过有些是自己拟合出力场的
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-16 15:51:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
但是我没看明白
回复此楼
4楼2010-12-16 15:51:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
你可以搜搜中文的硕博论文
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-12-16 15:52:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
如果你周围没有一个人是拟合力场这方面的专家，强烈建议你不要自己拟合参数，因为你很有可能犯一些非常低级的错误而不自知。 自己拟合参数，即使拟合出来也可能被审稿人鄙视，除非你有充分的证据表明你拟合的参数是合理的
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-12-16 16:36:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4静电作用项。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-17 02:14:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-12-17 02:14:46:
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义：
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同，amber用RESP，并且勿忘1-4 ...

1-4 的scale factor是个很麻烦的问题，好像有的是1/2，还有1/1.2，lz真要干得多读几篇拟合立场的文献，特别是amber要读一下amber的原始文献
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-12-17 10:44:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxl523

金虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！

你参数的单位是什么？请教一下，写写～～
赞一下 回复此楼
9楼2012-06-06 15:30:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxl523

金虫 (著名写手)
★
xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数，我自己解了一套，可跑完动力学，都跑散了，可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教，谢过！

跑散的结果是什么的了？？？
赞一下 回复此楼
10楼2012-06-06 15:31:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)
★
xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
我也想学学！
回复此楼
11楼2012-12-17 15:58:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xinglaidor 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭