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xinglaidor

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】量子化学方法求amber力场参数

用量子化学方法计算力场的参数,我自己解了一套,可跑完动力学,都跑散了,可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教,谢过!
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abing_1981

至尊木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
感觉这个还要多参考文献吧.
2楼2010-11-21 21:45:12
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boylc789

木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
这个我看过有些是自己拟合出力场的
3楼2010-12-16 15:51:32
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boylc789

木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
但是我没看明白
4楼2010-12-16 15:51:56
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boylc789

木虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2):谢谢参与
你可以搜搜中文的硕博论文
5楼2010-12-16 15:52:25
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xinglaidor(金币+2):谢谢参与
如果你周围没有一个人是拟合力场这方面的专家,强烈建议你不要自己拟合参数,因为你很有可能犯一些非常低级的错误而不自知。 自己拟合参数,即使拟合出来也可能被审稿人鄙视,除非你有充分的证据表明你拟合的参数是合理的
6楼2010-12-16 16:36:21
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xinglaidor(金币+2):谢谢参与
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义:
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同,amber用RESP,并且勿忘1-4静电作用项。
7楼2010-12-17 02:14:46
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xinglaidor(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-12-17 02:14:46:
实际并不复杂。这个拟合CHARMM力场参数的教程对于拟合AMBER力场二面角参数也很有借鉴意义:
http://dogmans.umaryland.edu/~kenno/tutorial/
主要注意的是电荷模型的不同,amber用RESP,并且勿忘1-4 ...

1-4 的scale factor是个很麻烦的问题,好像有的是1/2,还有1/1.2,lz真要干得多读几篇拟合立场的文献,特别是amber要读一下amber的原始文献
8楼2010-12-17 10:44:21
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zxl523

金虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数,我自己解了一套,可跑完动力学,都跑散了,可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教,谢过!

你参数的单位是什么?请教一下,写写~~
9楼2012-06-06 15:30:22
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zxl523

金虫 (著名写手)



xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
125424楼: Originally posted by xinglaidor at 2010-11-21 21:21:20
用量子化学方法计算力场的参数,我自己解了一套,可跑完动力学,都跑散了,可能主要是二面角的参数不合适。请做过计算参数的多多指教,谢过!

跑散的结果是什么的了???
10楼2012-06-06 15:31:46
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)



xinglaidor(金币+2): 谢谢参与
我也想学学!
11楼2012-12-17 15:58:46
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