应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】蛋白质近表面静电势能模拟
41/1返回列表
查看: 3071  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!

[交流] 【求助】蛋白质近表面静电势能模拟 已有2人参与

长期基于实验工作，目前需要补充一些相关的模拟工作，主要是对蛋白质在不同溶剂环境（如盐浓度，pH）中的表面及近表面的静电势能做模拟分析。找到了可能的模拟软件为DelPhi和Pymol，但是小弟不才，很难入门。不知各位大虾有没有涉及这方面的工作，或者还有什么其他的模拟软件可以实现模拟表面静电势能呢？感谢你们的赐教。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
行胜于言!科学求真，社会求善，艺术求美!
1楼 2010-07-16 22:44:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ckm840529(金币+10):thanks for you kind reply 2010-07-18 10:23:52
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-19 09:55:34
很简单 用CHEM3D的二面角扫描势能 导出数据 在MATLAB里绘成三维图 即可 至于溶剂浓度 这个牵扯到扩散系数  目前没成熟的理论模拟
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-07-18 20:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!
引用回帖:
Originally posted by 雪狼乖乖 at 2010-07-18 07:20:54:
很简单 用CHEM3D的二面角扫描势能 导出数据 在MATLAB里绘成三维图 即可 至于溶剂浓度 这个牵扯到扩散系数  目前没成熟的理论模拟

谢谢你的赐教，我听说那个Poisson-Boltzmann方程可以用来模拟静电相互作用，而DelPhi可以在不同条件的环境下模拟静电势能的变化，但是我不会用，国内好像很少人用，自己摸索了几天也没成效。matlab只是数据整合工具，就像是Pymol一样，那你说的那个CHEM3D计算的势能是不是只是缺省值呢？（不能改变模拟参数得到可以指导实验的模拟值？）谢谢你的关注。
附上用DelPhi和Pymol制作的势能图两张，其pH值不同，能看出表面静电势能也发生了改变。（好图啊，就是我不会画）
赞一下 回复此楼
行胜于言!科学求真，社会求善，艺术求美!
3楼2010-07-18 23:21:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-19 09:55:43
你说的是另一个问题 Poisson-Boltzmann方程一般是用于电子迁移率的计算上 国内有人用的 建议你去阅览帅志刚、王曙光老师的工作 他们在计算静电势能时 考虑了原子核的影响
PyMOL_APBS 这个软件确实是可以计算静电势能的
马路  周果宏 （首都医科大的）曾经写过关于DelPhi的计算 但都没有涉及关于PH值的计算
Poisson-Boltzmann方程 我不太了解是否能用于蛋白质的计算 希望你阅读了帅老师的工作 能有启发
赞一下(3人) 回复此楼
4楼2010-07-19 08:33:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ckm840529 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:34 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-28 23:19 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:45 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:28 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-28 22:21 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 17:30 by ZYXdhzDAy9ZX
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +7 zju2000 2026-09-26 8/400 2026-09-28 16:42 by beefly
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 15:32 by ZYXdhzDAy9ZX
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭