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ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!

[交流] 【求助】蛋白质近表面静电势能模拟 已有2人参与

长期基于实验工作,目前需要补充一些相关的模拟工作,主要是对蛋白质在不同溶剂环境(如盐浓度,pH)中的表面及近表面的静电势能做模拟分析。找到了可能的模拟软件为DelPhi和Pymol,但是小弟不才,很难入门。不知各位大虾有没有涉及这方面的工作,或者还有什么其他的模拟软件可以实现模拟表面静电势能呢?感谢你们的赐教。
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
ckm840529(金币+10):thanks for you kind reply 2010-07-18 10:23:52
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-19 09:55:34
很简单 用CHEM3D的二面角扫描势能 导出数据 在MATLAB里绘成三维图 即可 至于溶剂浓度 这个牵扯到扩散系数  目前没成熟的理论模拟
2楼2010-07-18 20:20:54
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ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!

引用回帖:
Originally posted by 雪狼乖乖 at 2010-07-18 07:20:54:
很简单 用CHEM3D的二面角扫描势能 导出数据 在MATLAB里绘成三维图 即可 至于溶剂浓度 这个牵扯到扩散系数  目前没成熟的理论模拟

谢谢你的赐教,我听说那个Poisson-Boltzmann方程可以用来模拟静电相互作用,而DelPhi可以在不同条件的环境下模拟静电势能的变化,但是我不会用,国内好像很少人用,自己摸索了几天也没成效。matlab只是数据整合工具,就像是Pymol一样,那你说的那个CHEM3D计算的势能是不是只是缺省值呢?(不能改变模拟参数得到可以指导实验的模拟值?)谢谢你的关注。
附上用DelPhi和Pymol制作的势能图两张,其pH值不同,能看出表面静电势能也发生了改变。(好图啊,就是我不会画)
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3楼2010-07-18 23:21:57
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)


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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-19 09:55:43
你说的是另一个问题 Poisson-Boltzmann方程一般是用于电子迁移率的计算上 国内有人用的 建议你去阅览帅志刚、王曙光老师的工作 他们在计算静电势能时 考虑了原子核的影响
PyMOL_APBS 这个软件确实是可以计算静电势能的
马路  周果宏 (首都医科大的)曾经写过关于DelPhi的计算 但都没有涉及关于PH值的计算
Poisson-Boltzmann方程 我不太了解是否能用于蛋白质的计算 希望你阅读了帅老师的工作 能有启发
4楼2010-07-19 08:33:10
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