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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】蛋白质近表面静电势能模拟
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ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!

[交流] 【求助】蛋白质近表面静电势能模拟 已有2人参与

长期基于实验工作，目前需要补充一些相关的模拟工作，主要是对蛋白质在不同溶剂环境（如盐浓度，pH）中的表面及近表面的静电势能做模拟分析。找到了可能的模拟软件为DelPhi和Pymol，但是小弟不才，很难入门。不知各位大虾有没有涉及这方面的工作，或者还有什么其他的模拟软件可以实现模拟表面静电势能呢？感谢你们的赐教。
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1楼 2010-07-16 22:44:31
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ckm840529

铁杆木虫 (著名写手)

I love science!
引用回帖:
Originally posted by 雪狼乖乖 at 2010-07-18 07:20:54:
很简单 用CHEM3D的二面角扫描势能 导出数据 在MATLAB里绘成三维图 即可 至于溶剂浓度 这个牵扯到扩散系数  目前没成熟的理论模拟

谢谢你的赐教，我听说那个Poisson-Boltzmann方程可以用来模拟静电相互作用，而DelPhi可以在不同条件的环境下模拟静电势能的变化，但是我不会用，国内好像很少人用，自己摸索了几天也没成效。matlab只是数据整合工具，就像是Pymol一样，那你说的那个CHEM3D计算的势能是不是只是缺省值呢？（不能改变模拟参数得到可以指导实验的模拟值？）谢谢你的关注。
附上用DelPhi和Pymol制作的势能图两张，其pH值不同，能看出表面静电势能也发生了改变。（好图啊，就是我不会画）
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3楼2010-07-18 23:21:57
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ckm840529(金币+10):thanks for you kind reply 2010-07-18 10:23:52
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-07-19 09:55:34
很简单 用CHEM3D的二面角扫描势能 导出数据 在MATLAB里绘成三维图 即可 至于溶剂浓度 这个牵扯到扩散系数  目前没成熟的理论模拟
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2楼2010-07-18 20:20:54
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-07-19 09:55:43
你说的是另一个问题 Poisson-Boltzmann方程一般是用于电子迁移率的计算上 国内有人用的 建议你去阅览帅志刚、王曙光老师的工作 他们在计算静电势能时 考虑了原子核的影响
PyMOL_APBS 这个软件确实是可以计算静电势能的
马路  周果宏 （首都医科大的）曾经写过关于DelPhi的计算 但都没有涉及关于PH值的计算
Poisson-Boltzmann方程 我不太了解是否能用于蛋白质的计算 希望你阅读了帅老师的工作 能有启发
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4楼2010-07-19 08:33:10
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