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linyusuc银虫 (小有名气)
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分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
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| 请教各位大侠，我在进行体系的模拟的时候，遇到的问题是模拟体系的势能和总能量是很大的正值，但是按照我们一般的常识，分子体系应该是处于势能较小的位置吧，这到底是什么原因呢，如何进行解决呢？另外在进行分子模拟的时候，进行温度计算的时候，为什么是3n-3，去掉的那三个自由度是哪三个呢，为什么要进行去除呢，不是很理解，还望指点迷津！ |
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cg陈
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2楼2013-11-29 10:32:00
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1.计算分子动力模拟系统功能的平均值可以得到系统的温度，即: T=<2k>/f 式中，K 为功能;T 为温度;f 为系统的自由度。对含有N 个原子的系统，每个原子具有3 个移动自由度，但因为系统的动量守恒，故须减去3 个自由度，故系统的总自由度为f=3N-3 。若系统加入限制条件，则每个限制减少一个自由度。 2.我认为体系的结构仍然不是最优的，需要进一步能量最小化。 |
3楼2013-11-29 14:28:51
linyusuc
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