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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
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linyusuc

银虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值

请教各位大侠，我在进行体系的模拟的时候，遇到的问题是模拟体系的势能和总能量是很大的正值，但是按照我们一般的常识，分子体系应该是处于势能较小的位置吧，这到底是什么原因呢，如何进行解决呢？另外在进行分子模拟的时候，进行温度计算的时候，为什么是3n-3，去掉的那三个自由度是哪三个呢，为什么要进行去除呢，不是很理解，还望指点迷津！
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1楼 2013-11-29 09:40:43
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cg陈 at 2013-11-30 14:41:36
1.力场参数的设定最好根据前人的文献，例如是否有现存的适合你的体系力场，或者根据文献来拟合体系的力场

2.聚合物的初始构型设计的要合理，例如是直线的还是蜷缩的，然后进行动力学退火，获得指定温度下最优构型 ...

真的非常感谢你的帮助，我也是刚开始学习进行聚合物的模拟，主要进行的就是聚苯乙烯的模拟研究，但是这个体系始终是搞不定，总是出现问题，不知道你是否了解，希望你能给点建议！
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6楼2013-12-02 10:37:34
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-02 15:08:08
可以画图给大家看看。关于你温度的问题，没看懂你在问什么？温度不就是算平均动能吗？
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2楼2013-11-29 10:32:00
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linyusuc: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的积极帮助 2013-11-30 08:13:10
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-30 10:17:30
1.计算分子动力模拟系统功能的平均值可以得到系统的温度，即:
T=<2k>/f
式中，K 为功能;T 为温度;f 为系统的自由度。对含有N 个原子的系统，每个原子具有3 个移动自由度，但因为系统的动量守恒，故须减去3 个自由度，故系统的总自由度为f=3N-3 。若系统加入限制条件，则每个限制减少一个自由度。

2.我认为体系的结构仍然不是最优的，需要进一步能量最小化。
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3楼2013-11-29 14:28:51
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linyusuc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cg陈 at 2013-11-29 14:28:51
1.计算分子动力模拟系统功能的平均值可以得到系统的温度，即:
T=<2k>/f
式中，K 为功能;T 为温度;f 为系统的自由度。对含有N 个原子的系统，每个原子具有3 个移动自由度，但因为系统的动量守恒，故须减去3  ...

好的，谢谢您的积极帮助，对于聚合物的模拟研究，包括初始体系的给定以及模拟中的力场参数的设定，您有什么好的建议，能否给我点建议，首先表示我最诚挚的感谢了！
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4楼2013-11-30 08:14:56
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