| 查看: 3990 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
关于fix nvt里的Tdamp
|
|||
|
请问一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp该怎么选取比较合适？ manual说最好是timestep的100倍左右。今天我进行多核并行模拟（试过6核、4核）的时候，设置步长为0.0005ps（units是metal，步长要设置成0.5fs，所以写0.0005），tdamp我设置为0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的话，run的步数正好是之前的两倍，随后也中止跳出。。。 请教论坛里的大牛tdamp到底应该怎么设置，对并行运算也会有影响吗？单核计算的话就不会出现这个问题，但单核实在太慢了。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有53人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有5人回复
-
26申博自荐
已经有3人回复
-
A期刊撤稿
已经有4人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有17人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有22人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
已经有8人回复
- fix nvt 命令中Tdamp的含义
已经有12人回复
- 如何设置并行计算
已经有3人回复
- fix deform 指令拉伸求教
已经有10人回复
- 关于汽轮机几个英语简写
已经有6人回复
- 聚合物的模型，退火和NPT,NVT要做到什么程度就能保证结构合理？
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
深圳市人民医院活性天然产物研究方向诚招联合培养硕士生2-3
+1/283
-
虚位以待，共探前沿：热烈欢迎报考北京工业大学纳米多孔材料课题组2026级博士研究生
+1/265
-
双一流南京医科大学招计算机、AI、统计、生物信息等方向26年9月入学博士
+1/183
-
Analytical Science Advances 征稿中
+1/180
-
87 年东北小哥定居苏州/杭州/上海，诚寻携手余生的你
+1/154
-
山东第二医科大学和广州中医药大学药学硕士招生
+1/84
-
清华大学药学院卢磊课题组诚聘新药研发方向科研助理
+1/76
-
Analytical Science Advances（Wiley出版社）长期征稿中...
+1/41
-
南京-栖霞区-尧化门附件有房子出租吗？
+1/31
-
上海交通大学机械与动力工程学院周宝文博士后招聘（化学、材料与能源动力等方向）
+1/25
-
山东大学集成电路学院博士招生1名
+1/22
-
天津大学化学系吴立朋课题组申请考核制博士招生/博后招聘
+1/21
-
求租南京-栖霞区-尧化门附件有虫友有房子要往外出租吗？来个一室的就行。
+1/18
-
北理工柔性电子国家杰青团队招博士后及科研助理
+1/12
-
北理工柔性电子国家杰青团队招博士后及科研助理
+1/11
-
北京师范大学与企业联合招聘博士后、全职、兼职人员
+1/9
-
新加坡南洋理工大学材料科学与工程学院招收博士研究生 (2026年8月入学)
+1/6
-
长春工业大学 机电工程学院 韩玲 招收申请审核制2026年秋季入学博士生
+1/6
-
中科院和北京工商大学招收2026博士/化学或生物背景
+1/4
-
英国兰卡斯特大学（Lancaster University）大模型、计算机视觉PhD招生
+1/2
|
Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 80150 278.46674 -705.38902 0 -700.92569 -19142.026 85000 353.46293 -704.73979 0 -699.07439 -16120.99 …… …… 180000 891.91995 -710.80657 0 -696.51064 -27161.183 185000 823.79471 -708.93996 0 -695.73597 -9021.5055 APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1) 这是主题贴没写上去的报错的内容。。。只有一行而已，前面是thermo的内容。。。只算了10万步而已。。上一条回复是昨晚后来修改tdamp以后新的报错。。。  |
4楼2012-04-24 14:13:34
2楼2012-04-24 08:04:43
|
[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed [proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event [mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting [mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion 这是今天报错的内容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。运行中止。。。现在简直是盲人摸象的感觉啊 |
3楼2012-04-24 13:26:06
5楼2012-04-24 22:58:47