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关于fix nvt里的Tdamp
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请问一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp该怎么选取比较合适？ manual说最好是timestep的100倍左右。今天我进行多核并行模拟（试过6核、4核）的时候，设置步长为0.0005ps（units是metal，步长要设置成0.5fs，所以写0.0005），tdamp我设置为0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的话，run的步数正好是之前的两倍，随后也中止跳出。。。 请教论坛里的大牛tdamp到底应该怎么设置，对并行运算也会有影响吗？单核计算的话就不会出现这个问题，但单核实在太慢了。。。 |
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6楼2012-04-25 17:17:52
2楼2012-04-24 08:04:43
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[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed [proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event [mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting [mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion 这是今天报错的内容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。运行中止。。。现在简直是盲人摸象的感觉啊 |
3楼2012-04-24 13:26:06
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Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 80150 278.46674 -705.38902 0 -700.92569 -19142.026 85000 353.46293 -704.73979 0 -699.07439 -16120.99 …… …… 180000 891.91995 -710.80657 0 -696.51064 -27161.183 185000 823.79471 -708.93996 0 -695.73597 -9021.5055 APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1) 这是主题贴没写上去的报错的内容。。。只有一行而已，前面是thermo的内容。。。只算了10万步而已。。上一条回复是昨晚后来修改tdamp以后新的报错。。。  |
4楼2012-04-24 14:13:34