| 查看: 4054 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
关于fix nvt里的Tdamp
|
|||
|
请问一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp该怎么选取比较合适？ manual说最好是timestep的100倍左右。今天我进行多核并行模拟（试过6核、4核）的时候，设置步长为0.0005ps（units是metal，步长要设置成0.5fs，所以写0.0005），tdamp我设置为0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的话，run的步数正好是之前的两倍，随后也中止跳出。。。 请教论坛里的大牛tdamp到底应该怎么设置，对并行运算也会有影响吗？单核计算的话就不会出现这个问题，但单核实在太慢了。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有13人回复
-
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有11人回复
-
表哥与省会女结婚，父母去帮带孩子被省会女气回家生重病了
已经有9人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有10人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
已经有8人回复
- fix nvt 命令中Tdamp的含义
已经有12人回复
- 如何设置并行计算
已经有3人回复
- fix deform 指令拉伸求教
已经有10人回复
- 关于汽轮机几个英语简写
已经有6人回复
- 聚合物的模型，退火和NPT,NVT要做到什么程度就能保证结构合理？
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
-大龄未婚男找女朋友结婚
+1/240
-
苏州国家实验室和中国科学技术大学联培博士招生
+1/184
-
华南师范大学（211）- 光电科学与工程学院 - 申请审核制（2026年4-5月份面试考核）
+2/106
-
广州大学“长江学者”教授团队2026年海内外高层次人才招聘（环境/化学/生物）
+1/77
-
坐标广州，征女友
+2/76
-
北京-89175-事业单位-诚征女友
+1/74
-
罗格斯大学纽瓦克校区(Rutgers-Newark) 招收 PHD，计算材料物理方向
+1/37
-
香港中文大学医学院 诚聘 研究助理教授 (医工结合/生物信息学方向)
+1/36
-
北京工业大学化生学院青年教师或“青年优秀人才”招聘启事
+1/35
-
同济大学脑机智能团队脑机接口方向招生招聘
+1/29
-
湖南大学袁达飞课题组招收第二批2026年9月入学的博士研究生一名
+1/26
-
华南师范大学（211）- 光电科学与工程学院 - 申请审核制（2026年4-5月份面试考核）
+2/16
-
电子科技大学李世彬课题组招聘传感器方向博士及博士后
+1/10
-
中国科学技术大学环境系招生
+1/9
-
上海海事大学兼职博导徐梁教授2026年9月博士招生
+1/5
-
广东工业大学马琳教授课题组招收2026年博士（材料物理与化学、光学专业）
+1/4
-
澳科大药学院诚招2026年秋季药剂学/生物材料硕士研究生（2026年3月5日报名截止）
+1/4
-
2026年 陕西科技大学 环境学院 招收博士生（化学/材料/环境/生物 背景均可）
+1/3
-
北京信息科技大学仪器科学与光电工程学院【周哲海】教授团队招收博士研究生
+1/1
-
大连海事大学船舶洁净能源研究中心2026年博士研究生招生启事
+1/1
7楼2012-04-25 17:22:47
2楼2012-04-24 08:04:43
|
[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed [proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event [mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting [mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion 这是今天报错的内容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。运行中止。。。现在简直是盲人摸象的感觉啊 |
3楼2012-04-24 13:26:06
|
Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 80150 278.46674 -705.38902 0 -700.92569 -19142.026 85000 353.46293 -704.73979 0 -699.07439 -16120.99 …… …… 180000 891.91995 -710.80657 0 -696.51064 -27161.183 185000 823.79471 -708.93996 0 -695.73597 -9021.5055 APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1) 这是主题贴没写上去的报错的内容。。。只有一行而已，前面是thermo的内容。。。只算了10万步而已。。上一条回复是昨晚后来修改tdamp以后新的报错。。。  |
4楼2012-04-24 14:13:34