24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3540  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】LAMMPS-运行报错 已有4人参与

一开始用lammps的时候,写了个比较粗糙的代码产生data文件。  前段时间大量的算东西,重新把产生初态的代码整理了一下。
       可是用新写的代码建完初态以后,用lammps跑出现了这个问题。
       ERROR on proc 0: Failed to allocate -767799296 bytes for array special : onetwo
       手册上说:Your LAMMPS simulation has run out of memory.You need to run a smaller simulation or on more processors.
       令我感到比较诧异的是我仔细对比过前后两个代码生成的初态,没有任何的不同。
       手册说是内存的问题,可是我写的两个初态是一样大的,为什么前一个不出现这个问题,而后面这个就出错呢?真的是内存的问题吗?
       我想问下有没有人遇到这个问题,有没有相应的解决方法?
       或者是不是我lammps的data文件有一些细节我没有注意到,大家能不能说说在写data文件的过程中一些需要注意的细节。
请大家不吝赐教。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-04-11 18:03:44
diff是比较文件内容的一个Linux命令。另外,是不是内存不够,你只需要查看一下本机内存情况和内存使用信息就知道了,比如free命令、查看meminfo文件内容等等,一般的系统也会提供system moritor之类的工具软件。很简单的。
7楼2011-04-11 16:22:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-11 10:39:37
你内存多少,你写的构型有多大,连这些基本问题你都不说,谁能帮你啊。错误提示上说 一个数组(onetwo) 需要开700多M的内存,你现在内存可能是不大够,也可能是内存条出了什么问题?就是这样。你机器上内存有多少?你的原子数有多少?

你以前运行的和现在运行的,是否使用的同一版本的Lammps程序?输入文件是否完全相同?data文件是不是肯定是完全一样?
2楼2011-04-10 22:07:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kehan_1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-10 22:07:31:
你内存多少,你写的构型有多大,连这些基本问题你都不说,谁能帮你啊。错误提示上说 一个数组(onetwo) 需要开700多M的内存,你现在内存可能是不大够,也可能是内存条出了什么问题?就是这样。你机器上内存有多少 ...

你好,非常感谢你的回复。这样,我是在组里的集群上算的,内存什么的应该是没有问题的(我跑过比现在这个体系还大的体系都没有问题)。
我做的是DPD,原子数接近14w。
回答你后面的几个问题:
(1)使用同一版本的lammps;
(2)同一个输入文件;
(3)data文件应该是一样的。因为体系较大,不可能逐行核对。我对比过自己前后两次的产生初态的代码,没有问题。
现在就是感觉自己的data文件可能存在问题,我再检查下。
无论如何,谢谢你的回复。
3楼2011-04-10 22:40:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kehan_1230

铜虫 (小有名气)

还是找不出问题啊……
4楼2011-04-11 09:57:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 考博 +4 Eternitf 2026-04-29 4/200 2026-05-02 16:10 by yejenny
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 16:06 by zahslv263y
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:36 by zahslv263y
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:21 by zahslv263y
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:06 by zahslv263y
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:21 by zahslv263y
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:06 by zahslv263y
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:06 by zahslv263y
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 3/150 2026-05-02 10:21 by ovidyohpyz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-02 10:21 by ovidyohpyz
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-02 10:06 by ovidyohpyz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 3/150 2026-05-02 09:36 by dz7y1p1i98
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 5/250 2026-05-02 09:21 by dz7y1p1i98
[考博] 药化及相关博士的申请 5+3 中药学渣 2026-04-29 3/150 2026-05-01 18:14 by babero
[论文投稿] 一篇MDPI论文改变了学习工作和生活 +3 helsinglee 2026-04-29 4/200 2026-05-01 11:45 by bobvan
[有机交流] 一个化合物的合成路线:CAS:367929-02-0 名称:8β-乙烯基雌二醇 50+4 zhquanbing 2026-04-28 4/200 2026-04-30 22:45 by zyqchem
[文学芳草园] 太白金星有点烦 +3 yexuqing 2026-04-27 3/150 2026-04-30 21:56 by myrtle
[考博] 中国地质大学(北京)博士招生补录,数理学院材料科学与工程专业和材料与化工专业 +3 liuxh329 2026-04-29 3/150 2026-04-30 15:42 by 顺利毕业zs
[论文投稿] 有没有快的中文核心比较快录用的,纳米材料光催化 5+3 2914439618 2026-04-27 4/200 2026-04-29 08:59 by 北京莱茵润色
[论文投稿] 有人投过CCC中国控制会议吗? 19+3 初九凡 2026-04-26 3/150 2026-04-27 08:58 by 北京莱茵润色
信息提示
请填处理意见