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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps实验拉伸Al纳米线的in文件的错误提示好久找不出？
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江流儿0305

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps实验拉伸Al纳米线的in文件的错误提示好久找不出？ 已有2人参与

以下是in文件一直提示错误ERROR: Illegal fix nvt/npt/nph command (fix_nh.cpp:317)
还有WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:173)求高手。
# 3d EAM tensile simulation---------三维EAM拉伸仿真

#units         metal        #设定原子模型
dimension     3        #几何维度

boundary     s s p        #边界设定
atom_style     atomic

# create geometry---------------创建几何模型

lattice        fcc 0.4056 orient x 1 1 -2 orient y -1 1 0 orient z 1 1 1 origin 0.0 0.0 0.5  #晶格结构,晶格常数x,y,z坐标的晶向
region        box block 0 4 0 4 0 20    #模拟几何区域设定
create_box 1 box        #创建一个box
create_atoms 1 box         #在box中创建1一种原子
mass        1 26.981    #定义原子质量为26.981

# EAM potentials----------------势函数

pair_style    eam        #定义势函数
pair_coeff    * * Al_jnp.eam    #势所需要的参数在此文件里

neighbor    2.0 bin        #截断半径
neigh_modify    delay 1 check yes #邻近原子列表更新速度

# define groups----------------定义组

region         1 block INF INF INF INF INF 3         #定义一个叫1的区域
group        lower region 1                #此区域里的原子叫lower
region        2 block  INF INF INF INF 17 INF        #定义一个叫2的区域
group        upper region 2                #此区域里的原子叫upper
group        boundary union lower upper            #定义lower+upper = boundary
group        mobile subtract all boundary        #定义mobile=all- boundary

#initial velocities-------------设置原子初速度

velocity    lower set 0.0 0.0 0.0    #设置left区域原子初速度为0
velocity    upper set 0.0 0.0 0.3   #设置right区域z方向原子速度为0.3
velocity    mobile ramp vz 0.0 0.3 z 3 17 sum yes   

min_style sd                     #能量最小模式   
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 10000        #驰豫

fix   1 lower setforce 0.0 NULL NULL     #固定下边的原子
fix   2 all npt temp 300.0 300.0 100.0 aniso 0.0 0.0 x 10.0 drag 1.0

thermo 200                 #每200步输出一次结果
timestep    0.003                       #时间步长0.003ps
run  5000                 #运行5000步

unfix2
fix   3 all nvt  
fix   4 all temp/rescale 300 1.0 1.0 5 1.0
fix   5 all deform 1000 z erate 0.002 units box  #设置沿z方向拉伸，应变率为0.002(1/ps)

dump 1 all atom 500 dump.tensile       #输出结果到dump.tensile
min_style sd                     #能量最小模式   
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 10000        #驰豫
run  100000                            #运行10000步
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倚天照海花无数，高山流水心自知。
1楼 2013-05-21 20:45:16
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢版主 2013-05-21 22:58:32
Illegal fix nvt/npt/nph command


错误提示很明显
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2楼2013-05-21 21:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

江流儿0305

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-05-21 21:06:40
Illegal fix nvt/npt/nph command


错误提示很明显

对啊，但就是找不出错误，求教!
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倚天照海花无数，高山流水心自知。
3楼2013-05-22 13:47:03
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韩欢欢

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 江流儿0305 at 2013-05-22 13:47:03
对啊，但就是找不出错误，求教!...

请问你的问题解决了吗？我也遇到了这个问题，不知道怎么解决。我在拉伸的时候用的是fix  1 nvt 300.0 300.0 100.0 drag 0.2 chain no 是想在300k恒温拉伸。运行也是这个错误提示，请教下怎么修改
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Demi
4楼2013-07-17 09:30:28
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w76990480

荣誉版主 (文坛精英)

super-emuch

优秀版主文献杰出贡献文献杰出贡献

【答案】应助回帖

fix   2 all npt temp 300.0 300.0 100.0 aniso 0.0 0.0 x 10.0 drag 1.0
x 为非周期，所以报错误
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专业文献求助
5楼2013-07-19 17:41:05
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天泊乐

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

fix npt 命令不能用于非周期性边界，如要使用，涉及压强参数要全为NULL，也就是控不了压了
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音乐you我！
6楼2013-08-07 11:39:19
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largehoo

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

lattice 的单位是埃
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7楼2014-07-12 15:40:05
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chinaboy798

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个in文件有几点问题，个人建议
1.非周期条件不能使用npt
2.为什么你要固定了Z轴两端的速度做能量最小化，而后在拉伸的时候是对所有原子施加npt系综做弛豫？
3.fix nvt已经有一个温度控制了，又加一个temp/rescale？
4.既然最后使用的fix deform来施行拉伸，之前施加Z轴两端速度为零的能量最小化有何意义？
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8楼2014-11-11 14:45:23
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xiaohu199316

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by 江流儿0305 at 2013-05-21 20:45:16
以下是in文件一直提示错误ERROR: Illegal fix nvt/npt/nph command (fix_nh.cpp:317)
还有WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:173)求高手。
# 3d EAM tensile simulation-- ...

请问，Al拉伸in文件还有吗？

发自小木虫Android客户端
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9楼2017-04-14 13:08:43
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