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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-09 15:01:53
create_atoms 1 region box basis 1 1 basis 2 1
create_atoms 2 region box basis 3 2 basis 4 2
写成一行即可：
create_atoms 1 region box basis 1 1 basis 2 1 basis 3 2 basis 4 2
前面default type 1在这里没有用到。这也可认为是Lammps的一个bug。
一般的理解，分几行写是可以的，但实际上，这两个create_atoms产生的格点原子重叠在一起，这也是为什么出现nan之类的thermo输出。

[ Last edited by bluewhale on 2012-12-6 at 19:40 ]
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11楼2012-12-06 19:39:01
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
708754楼: Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-09 21:33:59
好的。

你搞的是GaN，建立的是一个六方的晶格，。原子位置的设置是正确的。晶格尺寸不是实验值，因为你要

研究晶格尺寸的变化，是的吧？

我对你这个script有这样几个评论：

一、 首先 create_atoms 1 b ...

厉害啊，哈哈
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12楼2012-12-09 08:18:37
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huanyingst

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
5楼: Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-09 21:33:59
好的。

你搞的是GaN，建立的是一个六方的晶格，。原子位置的设置是正确的。晶格尺寸不是实验值，因为你要

研究晶格尺寸的变化，是的吧？

我对你这个script有这样几个评论：

一、 首先 create_atoms 1 b ...

你好 我按照你说的改了一下 为什么输出显示是三斜的，不是六角晶系呢？
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13楼2015-06-25 14:57:59
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
13楼: Originally posted by huanyingst at 2015-06-25 14:57:59
你好 我按照你说的改了一下 为什么输出显示是三斜的，不是六角晶系呢？...

你那样设置就是按三斜设置的。但是你的参数是符合六角就行了。三斜是普遍情况，三斜加上一些限制条件，自然就变成别的晶格了。
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14楼2015-06-25 20:19:53
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wangyaolu

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
9楼: Originally posted by tianlu2222 at 2012-06-16 23:55:26
我刚刚把lz的lammps输入文件按照老虎大王的建议修改了一下，贴出来如下。

units                   metal
boundary                p p p

atom_style              atomic

lattice custom 3.104 a1 0.866 ...

我想了解一下：lattice中a1,a2,a3的设置及basis中的各个分数坐标是怎么计算出来的呢？
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inspiration and deligence is needed
15楼2016-06-01 11:19:49
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