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【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题 已有9人参与
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lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 我想创建一个二元化合物，建立了一个晶格，晶格中有四个basis，我想在第1个和第2个的basis上创建A原子，在3、4上创建B原子，我上边的代码却始终不成功，The Fuc*ing Manual 上写的create_atoms 中basis的参数是： basis values = M itype M = which basis atom itype = atom type (1-N) to assign to this basis atom 我不知道我是哪里错了，新人，望大家指教，谢谢! |
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2楼2010-05-08 21:29:48
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4楼2010-05-09 21:13:29
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+8):谢谢 2010-05-10 08:23:47
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好的。 你搞的是GaN，建立的是一个六方的晶格，。原子位置的设置是正确的。晶格尺寸不是实验值，因为你要 研究晶格尺寸的变化，是的吧？ 我对你这个script有这样几个评论： 一、 首先 create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 这样的用法是错误的。 请看Manual中create_atoms的说明： For the box style, the create_atoms command fills the entire simulation box with atoms on the lattice. 我测试了 create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 1 box 这两个语句，结果都是一样的。说明后面的basis好像不起作用。我不知道这是程序的bug还是这个地方确实不能用box。 反正，经测试，create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 这一句中，不能用box，而要用region。 二、你改了上述错误之后（即把这两句中的box 改成region box，其中后面的box是region的ID），仍然 会发现有问题。因为生成的原子个数不对。这是为什么呢？ 你看你的script，其中有： region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box 这两句。 系统执行了以后，返回的信息是：Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922)， 这说明你生成的是一个方盒子。实际上，你要的盒子是个什么盒子呢？你是六角晶系，当然应是一个平行 六面体（你可以照着你自己写的lattice语句，在纸上画画）。 所以，你region box block 0 3 0 3 0 3这一句当中的style用bolck也是不对的，正确的设置应该用 prism,至于如何用，请你读Manual。 以上意见供参考。若仍有问题，可以继续讨论。 |
5楼2010-05-09 21:33:59
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14楼2015-06-25 20:19:53