| 查看: 4702 | 回复: 14 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题 已有9人参与
|
|||
|
lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 我想创建一个二元化合物，建立了一个晶格，晶格中有四个basis，我想在第1个和第2个的basis上创建A原子，在3、4上创建B原子，我上边的代码却始终不成功，The Fuc*ing Manual 上写的create_atoms 中basis的参数是： basis values = M itype M = which basis atom itype = atom type (1-N) to assign to this basis atom 我不知道我是哪里错了，新人，望大家指教，谢谢! |
回复此楼» 猜你喜欢
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有74人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径
已经有3人回复
- lammps的时间步长问题
已经有16人回复
- lammps中固定键长
已经有4人回复
- 【求助】lammps安装过程中，在安装fftw的过程中遇到问题
已经有8人回复
- 【讨论】lammps中利用velocity命令无法控制住速度问题
已经有11人回复
- 【求助】lammps如何测量模拟以后材料的晶格参数？
已经有7人回复
- 【讨论】lammps中关于fix ave/spatial命令的输出问题
已经有4人回复
- 【求助】MS建模导入lammps问题求救
已经有14人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
6楼2010-05-09 22:06:19
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
2楼2010-05-08 21:29:48
|
首先谢谢上边的回复，我的模拟是要对晶格的尺寸做变化的，其实在我正式模拟的in文件中晶格参数里面是有变量的，所以我的原子坐标没有采用read_data读入，上边贴出的代码只是我做测试用的，经过测试后发现是create_atoms命令使用不正确，下边是我测试的代码，运行时没有问题的，我的box当中原则上只有162个basis，可是由运行的结果来看两个create_atoms都创建了162个atoms，共324个atoms，第一个creat_atoms我是想让他在在第一种和第二种类型的basis上创建Ga原子上，第一种类型和第二种类型的basis加起来才162/2个，可是他却创建了162个，所以我想请问大家create_atoms带basis参数的命令应该是怎么用，谢谢！ units metal boundary p p p atom_style atomic lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 basis 0.66666666 67 0.3333333333 0.8826000000 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 Lattice spacing in x,y,z = 2.68814 4.656 4.974 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922) 1 by 1 by 1 processor grid create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 Created 162 atoms create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 Created 162 atoms pair_style tersoff pair_coeff * * GaN.tersoff Ga N mass 1 69.723 mass 2 14.0067 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs #dump_modify 1 element Al N run 0 Memory usage per processor = 1.831 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 nan 0 nan nan Loop time of 0 on 1 procs for 0 steps with 324 atoms Pair time (%) = 0 (0) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 0 (0) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0 (0) Nlocal: 324 ave 324 max 324 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 1188 ave 1188 max 1188 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 17364 ave 17364 max 17364 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 17364 Ave neighs/atom = 53.5926 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 |
3楼2010-05-09 12:47:27
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
4楼2010-05-09 21:13:29
25