应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps read_data 文件格式
51/1返回列表
查看: 4197  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)

[求助] lammps read_data 文件格式

lammps  read_data 文件格式是怎么样的，能传一份给我看看吗?谢谢啊！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-12 17:13:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 15:32:53
可以，比如我建立的双链dna分子模型：ploy(A-T)20.psf 和 ploy(A-T)20.pdb
先导入的VMD中：
mol load psf ploy(A-T)20.psf pdb ploy(A-T)20.pdb
然后直接输出成lammps 的data文件：
topo writelammpsdat ...

谢谢！
回复此楼
8楼2012-09-14 17:23:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:20
lammps的安装目录下面有很多啊，你可以自己去找看需要什么样的！
赞一下 回复此楼
为什么小木虫每天都是扣四个金币！！！！！！
2楼2012-09-12 19:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:56:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by lchchl at 2012-09-12 19:03:41
lammps的安装目录下面有很多啊，你可以自己去找看需要什么样的！

顶楼上！


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型，然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xx4751
3楼2012-09-12 22:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！讲解的真细致！ 2012-09-13 09:53:11
data文件有两种格式，一种是二进制文件，一种是ascii文件，一般来说，我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成，一是文件头，二是原子信息。文件头包括一些说明的内容，还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息，原子信息部分就包括了每个原子的ID，三维坐标，类型等等信息，根据你选的atom_type不同，显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为：topo writelammpsdata filename atom_type，在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别，参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点，lammps里面有一个命令叫write_restart，这个命令输出的data文件是二进制文件，所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数，可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件（ascii文件），这些程序lammps工具包里有。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-09-13 09:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂院校信息 +4 CX 330 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:48 by ms629
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 317求调剂 +9 申子申申 2026-03-19 15/750 2026-03-21 17:31 by 学员8dgXkO
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 材料与化工（0856）304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 307求调剂 +10 冷笙123 2026-03-17 10/500 2026-03-21 01:54 by JourneyLucky
[考研] 南京大学化学376求调剂 +3 hisfailed 2026-03-19 6/300 2026-03-20 23:43 by hisfailed
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +4 葵梓卫队 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:02 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭