24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 4264  |  回复: 12

xx4751

铜虫 (正式写手)

[求助] lammps read_data 文件格式

lammps  read_data 文件格式是怎么样的,能传一份给我看看吗?谢谢啊!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞!讲解的真细致! 2012-09-13 09:53:11
data文件有两种格式,一种是二进制文件,一种是ascii文件,一般来说,我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成,一是文件头,二是原子信息。文件头包括一些说明的内容,还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息,原子信息部分就包括了每个原子的ID,三维坐标,类型等等信息,根据你选的atom_type不同,显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为:topo writelammpsdata filename atom_type,在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别,参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点,lammps里面有一个命令叫write_restart,这个命令输出的data文件是二进制文件,所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数,可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件(ascii文件),这些程序lammps工具包里有。
4楼2012-09-13 09:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:20
lammps的安装目录下面有很多啊,你可以自己去找看需要什么样的!
为什么小木虫每天都是扣四个金币!!!!!!
2楼2012-09-12 19:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:56:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by lchchl at 2012-09-12 19:03:41
lammps的安装目录下面有很多啊,你可以自己去找看需要什么样的!

顶楼上!


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型,然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-09-12 22:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-12 22:07:59
顶楼上!


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型,然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了...

能传个例子我看看吗?谢谢
5楼2012-09-14 15:23:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xx4751: 金币+25, ★★★很有帮助 2012-09-14 17:23:53
zh1987hs: 金币+10, 谢谢 2012-09-14 18:48:02
内容已删除

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2012-09-14 15:32:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

加油6738

木虫 (正式写手)


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币-1, 应助指数-1, 非应助回帖,请勿点击应助 2012-09-14 17:42:25
跪求Lammps和Amber软件!好心人传一个给我吧,我金币不多,全部都给他(她)。
7楼2012-09-14 17:07:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 15:32:53
可以,比如我建立的双链dna分子模型:ploy(A-T)20.psf 和 ploy(A-T)20.pdb
先导入的VMD中:
mol load psf ploy(A-T)20.psf pdb ploy(A-T)20.pdb
然后直接输出成lammps 的data文件:
topo writelammpsdat ...

谢谢!
8楼2012-09-14 17:23:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 加油6738 at 2012-09-14 17:07:11
跪求Lammps和Amber软件!好心人传一个给我吧,我金币不多,全部都给他(她)。

Lammps 是开源软件,不要求人,自己去下载即可:
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件,要的是人民币,而不是论坛金币
9楼2012-09-14 17:43:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

加油6738

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 17:43:58
Lammps 是开源软件,不要求人,自己去下载即可:
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件,要的是人民币,而不是论坛金币...

我在那个网站上下了Lammps,但是没有安装软件啊。能不能指点一下怎么弄的?
10楼2012-09-15 09:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xx4751 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 药学305求调剂 +6 玛卡巴卡boom 2026-04-11 6/300 2026-04-14 19:48 by zhouxiaoyu
[考研] 材料工程085601,270求调剂 +42 @ASDF1234 2026-04-08 46/2300 2026-04-14 18:12 by 逍遥三郎
[考研] 085500求调剂材料 +11 易11122 2026-04-09 11/550 2026-04-14 17:59 by lhj2009
[考研] 求调剂 +16 雪逢冬 2026-04-10 16/800 2026-04-14 14:27 by 逆水乘风
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 机械工程313分找工科调剂 +4 双一流本科机械 2026-04-08 4/200 2026-04-14 07:32 by Abskk
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +26 土豆er? 2026-04-09 29/1450 2026-04-13 15:15 by 独醉梦孤城
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
[考研] 22408调剂315分 +3 zhuangyan123 2026-04-09 3/150 2026-04-12 00:25 by 蓝云思雨
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 086003调剂求助 +21 苏弋万 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 20:25 by dongdian1
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
[考研] 352 求调剂 +6 yzion 2026-04-11 8/400 2026-04-11 16:24 by 明月此时有
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 282,求调剂 +12 jggshjkkm 2026-04-09 14/700 2026-04-11 09:39 by 猪会飞
[考研] 计算机类求调剂,22408-274分 +7 上岸de小虫 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:56 by fxue1114
[考研] 一志愿京区985,085401,与本科专业一致,电子信息工程, +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
信息提示
请填处理意见