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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » AtomEye下面的voronoirize的使用
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)

[求助] AtomEye下面的voronoirize的使用

AtomEye下面可以用voronoi方法建立多晶，http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/utils.html#voronoirize
作者给的例子中，用了下面的命令：
% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg
现在我有FCC10x10x10.cfg 文件，问题是我不知道这句话“% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg”怎么用，
哪位大侠知道啊，跪求！！！
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1楼 2012-06-24 15:04:20
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rush7

金虫 (小有名气)
我不太懂，不过MDBBS上岂不是有更好的资源？atomeye不是可视化么，LiJu的意思是在那里面建模。。？另外LZ要是有voronoirize高版本的可否分享一下~~~？
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2楼2012-06-25 16:47:14
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by rush7 at 2012-06-25 16:47:14
我不太懂，不过MDBBS上岂不是有更好的资源？atomeye不是可视化么，LiJu的意思是在那里面建模。。？另外LZ要是有voronoirize高版本的可否分享一下~~~？

是可视化的软件，不过在atomeye网页上，voronoirize是属于 “Utilities”下面的，所以我认为是能voronoirize建模的。你说的我有“voronoirize高版本” 我没有哦，难道你有关于voronoirize的版本？能不能法我参考一下？
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3楼2012-06-25 16:57:11
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icic2012

金虫 (著名写手)
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 应助指数-1 2012-06-26 07:32:15
现在党 员没有党 原证。除非组织证明，否则还真不好办。
从来不知道当有什么秘密，也不知道有什么几率
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4楼2012-06-25 17:52:05
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rush7

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaorongwei at 2012-06-25 16:57:11
是可视化的软件，不过在atomeye网页上，voronoirize是属于 “Utilities”下面的，所以我认为是能voronoirize建模的。你说的我有“voronoirize高版本” 我没有哦，难道你有关于voronoirize的版本？能不能法我参考一 ...

没呀 只记得MDBBS上有人说过不止一个版本……
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5楼2012-06-25 22:23:14
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chen_kg

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-07 19:36:58
xiaorongwei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-18 15:48:14
voronoirize 输入结构文件 晶体结构 x方向晶粒数目 y方向晶粒数目 z方向晶粒数目 输出结构文件
对应的FCC10x10x10.cfg是输入文件，bcc是结构 2 2 2表示将初始结构随机切成2*2*2个晶粒， FCC10x10x10-voronoirized.cfg是输出结构文件，下面的代码可以将这个cfg直接转成lammps的data文件
#! /bin/gawk -f
BEGIN {
OFMT = "%.16f";
CONVFMT ="%.16f";
count = 0;
H11 = 0.;
H22 = 0.;
H33 = 0.;
entry_count = 0;
N = 0.;
}
function abs(y){
    y =(y >= 0) ? y : 0 - y;
    return(y);
}


{}{
    if ($1 == "Number" && $2 == "of" && $3 == "particles" && NR == 1){
        N = $5;
        printf ("Input file\n\n";
        printf ("%d  atoms\n", $5);
        printf ("1  atom types\n\n";
    }
    if ( $1 == "H0(1,1)" {H11 = $3; printf ("0.0000 %.16f xlo xhi\n", H11);}
    if ( $1 == "H0(2,2)" {H22 = $3; printf ("0.0000 %.16f ylo yhi\n", H22);}
    if ( $1 == "H0(3,3)" {
        H33 = $3;
        printf ("0.0000 %.16f zlo zhi\n\n", H33);
        printf ("Masses\n\n";
        printf ("1 63.546000\n\n\n";
        printf ("Atoms\n\n";
    }
    if ( $0 == ".NO_VELOCITY." type = "extended";
    if ( type == "extended" && $1 == "entry_count" entry_count = $3;
    if ( type == "extended" && NF == entry_count && entry_count > 0 && NR > 27) {
        printf("%d 1 %.16f %.16f %.16f %.12f %.12f\n",count+1,$1*H11,$2*H22,$3*H33, 1./sqrt($4),$5);count++;
    }

    if ( $0 == "R = 1.0 [ns^-1]" type = "standard";
    if ( type == "standard" entry_count = 8;
    if ( type == "standard" && NF == entry_count && entry_count > 0 && NR > 57 && NR < (59+N) ){
        printf("%d 1 %.16f %.16f %.16f %.8f %.8f\n",count+1,$3*H11,$4*H22,$5*H33, 1./sqrt(47.084529), 1.0);count++;
    }  
   
   
}
  END{}



另外，有谁知道这个小程序有没有哪个版本可以使得不同尺度的初始样品voroinize后的晶粒具相同的形状么？即可以保存和读入seed位置
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6楼2012-08-06 20:38:08
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gswyyyx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by chen_kg at 2012-08-06 20:38:08
voronoirize 输入结构文件 晶体结构 x方向晶粒数目 y方向晶粒数目 z方向晶粒数目 输出结构文件
对应的FCC10x10x10.cfg是输入文件，bcc是结构 2 2 2表示将初始结构随机切成2*2*2个晶粒， FCC10x10x10-voronoirized. ...

请问有没有把cfg文件或者lammps文件输入到MS格式的代码？你这个代码是哪儿下载的啊？
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7楼2013-08-27 18:34:17
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啾啾哈喽

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chen_kg at 2012-08-06 20:38:08
voronoirize 输入结构文件 晶体结构 x方向晶粒数目 y方向晶粒数目 z方向晶粒数目 输出结构文件
对应的FCC10x10x10.cfg是输入文件，bcc是结构 2 2 2表示将初始结构随机切成2*2*2个晶粒， FCC10x10x10-voronoirized. ...

请问 这个代码怎么用啊
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8楼2015-11-03 12:15:35
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hello806

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 啾啾哈喽 at 2015-11-03 12:15:35
请问 这个代码怎么用啊...

找到这个代码怎么用的了吗
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9楼2016-01-30 07:56:53
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1073269969

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chen_kg at 2012-08-06 20:38:08
voronoirize 输入结构文件 晶体结构 x方向晶粒数目 y方向晶粒数目 z方向晶粒数目 输出结构文件
对应的FCC10x10x10.cfg是输入文件，bcc是结构 2 2 2表示将初始结构随机切成2*2*2个晶粒， FCC10x10x10-voronoirized. ...

我觉得您说的不对，您看它运行完的说明，他是给他分成了16个晶粒 我试过1 1 1 这样是分成了两个晶粒
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10楼2018-01-15 09:38:39
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