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xiaorongwei金虫 (初入文坛)
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AtomEye下面的voronoirize的使用
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AtomEye下面可以用voronoi方法建立多晶，http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A/utils.html#voronoirize 作者给的例子中，用了下面的命令： % voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg 现在我有FCC10x10x10.cfg 文件，问题是我不知道这句话“% voronoirize FCC10x10x10.cfg bcc 2 2 2 FCC10x10x10-voronoirized.cfg”怎么用， 哪位大侠知道啊，跪求！！！ |
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 分子动力学第一性原理 | 材料 |
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-07 19:36:58
xiaorongwei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-18 15:48:14
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xiaorongwei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-09-18 15:48:14
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voronoirize 输入结构文件 晶体结构 x方向晶粒数目 y方向晶粒数目 z方向晶粒数目 输出结构文件 对应的FCC10x10x10.cfg是输入文件，bcc是结构 2 2 2表示将初始结构随机切成2*2*2个晶粒， FCC10x10x10-voronoirized.cfg是输出结构文件，下面的代码可以将这个cfg直接转成lammps的data文件 #! /bin/gawk -f BEGIN { OFMT = "%.16f"; CONVFMT ="%.16f"; count = 0; H11 = 0.; H22 = 0.; H33 = 0.; entry_count = 0; N = 0.; } function abs(y){ y =(y >= 0) ? y : 0 - y; return(y); } {}{ if ($1 == "Number" && $2 == "of" && $3 == "particles" && NR == 1){ N = $5; printf ("Input file\n\n"  ;printf ("%d atoms\n", $5); printf ("1 atom types\n\n" ;} if ( $1 == "H0(1,1)" {H11 = $3; printf ("0.0000 %.16f xlo xhi\n", H11);}if ( $1 == "H0(2,2)" {H22 = $3; printf ("0.0000 %.16f ylo yhi\n", H22);}if ( $1 == "H0(3,3)" {H33 = $3; printf ("0.0000 %.16f zlo zhi\n\n", H33); printf ("Masses\n\n" ;printf ("1 63.546000\n\n\n" ;printf ("Atoms\n\n" ;} if ( $0 == ".NO_VELOCITY." type = "extended";if ( type == "extended" && $1 == "entry_count" entry_count = $3;if ( type == "extended" && NF == entry_count && entry_count > 0 && NR > 27) { printf("%d 1 %.16f %.16f %.16f %.12f %.12f\n",count+1,$1*H11,$2*H22,$3*H33, 1./sqrt($4),$5);count++; } if ( $0 == "R = 1.0 [ns^-1]" type = "standard";if ( type == "standard" entry_count = 8;if ( type == "standard" && NF == entry_count && entry_count > 0 && NR > 57 && NR < (59+N) ){ printf("%d 1 %.16f %.16f %.16f %.8f %.8f\n",count+1,$3*H11,$4*H22,$5*H33, 1./sqrt(47.084529), 1.0);count++; } } END{} 另外，有谁知道这个小程序有没有哪个版本可以使得不同尺度的初始样品voroinize后的晶粒具相同的形状么？即可以保存和读入seed位置 |
6楼2012-08-06 20:38:08
rush7
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