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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？
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sxsfdx

银虫 (小有名气)

[求助] 请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？

请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？


现在我要 模拟一个大分子（带正电100），想看其和膜的作用：
顺序1：
将大分子和膜放置在盒子里，加水，随机加离子中和体系;
能量最小化;
对大分子和磷脂膜位置约束，开始模拟，使体系平衡;
放开约束，进行模拟;
结果没什么现象。
顺序2：
将大分子和膜放置在盒子里，加水，随机加离子中和体系;
能量最小化;
直接进行模拟;
结果大分子由于带电直接钻到膜里面了。长时间模拟，分子没有出来。



哪一个合适呢？第一个顺序结果说明大分子和膜没有相互作用，第二个说明分子能钻到膜里面。这两者哪个合适呢？谢谢大家！
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1楼 2012-06-13 09:34:38
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-13 10:22:55
理论上是要加位置限定然后再模拟的，（我只做过蛋白，是加限制的）不知道你做过几次重复实验，你可以重复几次看看
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2楼2012-06-13 10:14:28
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草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-13 16:39:52
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋白质被水分子冲走了，这种随机性比较大，最好多模拟几次，或者调解蛋白与膜的初始距离。
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sxsfdx
3楼2012-06-13 16:13:31
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燕红枫yhf

金虫 (小有名气)

钻石
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-14 13:10:40
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋白质被水分子冲走了，这种随机性比较大，最好多模拟几次，或者调解蛋白与膜的初始距离。
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sxsfdx
你若安好，便是晴天。
4楼2012-06-14 12:42:03
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sxsfdx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 燕红枫yhf at 2012-06-14 12:42:03
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋 ...

谢谢你！你讲的很有道理！我调节距离试一下，我还是发现电荷的作用太强烈了！
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5楼2012-06-14 21:53:59
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sxsfdx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-06-13 16:13:31
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋 ...

楼下的粘贴你的回复了！：）谢谢你！
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6楼2012-06-14 21:56:08
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sxsfdx

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xulinan at 2012-06-13 10:14:28
理论上是要加位置限定然后再模拟的，（我只做过蛋白，是加限制的）不知道你做过几次重复实验，你可以重复几次看看

谢谢你！看样子我一开始加位置限制是没错的，呵呵：）
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7楼2012-06-14 21:56:55
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