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请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？
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请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？ 现在我要 模拟一个大分子（带正电100），想看其和膜的作用： 顺序1： 将大分子和膜放置在盒子里，加水，随机加离子中和体系; 能量最小化; 对大分子和磷脂膜位置约束，开始模拟，使体系平衡; 放开约束，进行模拟; 结果没什么现象。 顺序2： 将大分子和膜放置在盒子里，加水，随机加离子中和体系; 能量最小化; 直接进行模拟; 结果大分子由于带电直接钻到膜里面了。长时间模拟，分子没有出来。 哪一个合适呢？第一个顺序结果说明大分子和膜没有相互作用，第二个说明分子能钻到膜里面。这两者哪个合适呢？谢谢大家！ |
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