应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？
51/1返回列表
查看: 1361  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sxsfdx

银虫 (小有名气)

[求助] 请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？

请问大家下面哪一种模拟顺序合适呢？


现在我要 模拟一个大分子（带正电100），想看其和膜的作用：
顺序1：
将大分子和膜放置在盒子里，加水，随机加离子中和体系;
能量最小化;
对大分子和磷脂膜位置约束，开始模拟，使体系平衡;
放开约束，进行模拟;
结果没什么现象。
顺序2：
将大分子和膜放置在盒子里，加水，随机加离子中和体系;
能量最小化;
直接进行模拟;
结果大分子由于带电直接钻到膜里面了。长时间模拟，分子没有出来。



哪一个合适呢？第一个顺序结果说明大分子和膜没有相互作用，第二个说明分子能钻到膜里面。这两者哪个合适呢？谢谢大家！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-13 09:34:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

燕红枫yhf

金虫 (小有名气)

钻石
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-14 13:10:40
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋白质被水分子冲走了，这种随机性比较大，最好多模拟几次，或者调解蛋白与膜的初始距离。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sxsfdx
你若安好，便是晴天。
4楼2012-06-14 12:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-13 10:22:55
理论上是要加位置限定然后再模拟的，（我只做过蛋白，是加限制的）不知道你做过几次重复实验，你可以重复几次看看
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-13 10:14:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-13 16:39:52
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋白质被水分子冲走了，这种随机性比较大，最好多模拟几次，或者调解蛋白与膜的初始距离。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sxsfdx
3楼2012-06-13 16:13:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sxsfdx

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 燕红枫yhf at 2012-06-14 12:42:03
我见过的文献里模拟蛋白与膜的作用时是会手动把蛋白质插到膜中，然后施加力来分析蛋白质与膜的相互作用的。理论讲，第一种方法比较合理，但是有可能水分子在蛋白质周围形成强的水化层阻止了蛋白质与膜的接触，从而蛋 ...

谢谢你！你讲的很有道理！我调节距离试一下，我还是发现电荷的作用太强烈了！
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-14 21:53:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸！ 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 314求调剂 +8 无懈可击的巨人 2026-03-12 8/400 2026-03-18 14:50 by haxia
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 303求调剂 +4 睿08 2026-03-17 6/300 2026-03-18 11:01 by Iveryant
[考研] 307求调剂 +3 冷笙123 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:55 by macy2011
[考研] 301求调剂 +9 yy要上岸呀 2026-03-17 9/450 2026-03-18 08:58 by 无际的草原
[考研] 278求调剂 +5 烟火先于春 2026-03-17 5/250 2026-03-18 08:43 by 星空星月
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy！ 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 283求调剂，材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭