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leila3409

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[交流] 【求助】大家帮我看看这多出来的10个原子是从哪里来的？

我用LAMMPS建了一个SIGMA5晶界，用了下面的语句
lattice bcc ${latparam}
region whole block 0.000000 9.02928935 -9.02928935  9.02928935 0.000000 28.55312  units box
create_box 2 whole
region upper block INF INF 0.000000 9.02928935 INF INF units box
lattice bcc ${latparam} orient x  3 1 0 orient y  1 -3 0 orient z  0 0 -1
create_atoms 1 region upper
region lower block INF INF -9.02928935 0.000000 INF INF units box
lattice bcc ${latparam} orient x 3 1 0 orient y  -1 3 0  orient z  0 0 1
create_atoms 1 region lower
group upper region upper
group lower region lower
delete_atoms overlap ${overlapdist} lower upper

话说我看了图，好像已经成功了。问题我看不懂计算过程中的一些结果，请高手指点。

结果中显示
create_atoms 1 region upper
Created 200 atoms
create_atoms 1 region lower
Created 200 atoms

group upper region upper
210 atoms in group upper
group lower region lower
210 atoms in group lower

delete_atoms overlap 0.275 lower upper
System init for delete_atoms ...
Deleted 20 atoms, new total = 380

我想请问，我明明用upper的region做成一个group，这多出来的10个原子是哪里来的？谢谢!

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1楼 2011-03-22 16:12:28

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amynihao

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我看不懂，请高手来回答吧，帮顶。

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2楼2011-03-23 20:40:20

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御剑江湖

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★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-25 13:27:15
leila3409(金币+1): 5 2011-03-28 07:56:00
leila3409(金币+4): 明明回复5个，可能写错地方了，补上 2011-03-28 13:08:08

楼主没有贴出整个in文件，只能猜想：
1、初始结构没有定义好没？
2. 系综选择是否正确？
3、固定边界没，周期性边界条件。
4、势函数的选择。
可以用可视化软件看轨迹，比如VMD，atomeye等，然后可以直观地知道到底发生了什么。

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3楼2011-03-24 15:51:24

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leila3409

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★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢分享解决问题的方法 2011-03-28 12:10:35

引用回帖:

Originally posted by 御剑江湖 at 2011-03-24 15:51:24:
楼主没有贴出整个in文件，只能猜想：
1、初始结构没有定义好没？
2. 系综选择是否正确？
3、固定边界没，周期性边界条件。
4、势函数的选择。
可以用可视化软件看轨迹，比如VMD，atomeye等，然后可以直观地知 ...

呵呵，谢谢，这个问题已经解决了。
create_atoms 在创建晶胞时会考虑周期性。而group upper region upper不考虑周期性，所以会多出十个原子来。

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4楼2011-03-28 07:55:50

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