24小时热门版块排行榜    

查看: 1246  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

leila3409

捐助贵宾 (正式写手)


[交流] 【求助】大家帮我看看这多出来的10个原子是从哪里来的?

我用LAMMPS建了一个SIGMA5晶界,用了下面的语句
lattice bcc ${latparam}
region whole block 0.000000 9.02928935 -9.02928935  9.02928935 0.000000 28.55312  units box
create_box 2 whole
region upper block INF INF 0.000000 9.02928935 INF INF units box
lattice bcc ${latparam} orient x  3 1 0 orient y  1 -3 0 orient z  0 0 -1
create_atoms 1 region upper
region lower block INF INF -9.02928935 0.000000 INF INF units box
lattice bcc ${latparam} orient x 3 1 0 orient y  -1 3 0  orient z  0 0 1
create_atoms 1 region lower
group upper region upper
group lower region lower  
delete_atoms overlap ${overlapdist} lower upper



话说我看了图,好像已经成功了。问题我看不懂计算过程中的一些结果,请高手指点。

结果中显示
create_atoms 1 region upper
Created 200 atoms
create_atoms 1 region lower
Created 200 atoms

group upper region upper
210 atoms in group upper
group lower region lower  
210 atoms in group lower

delete_atoms overlap 0.275 lower upper
System init for delete_atoms ...
Deleted 20 atoms, new total = 380

我想请问,我明明用upper的region做成一个group,这多出来的10个原子是哪里来的?谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-25 13:27:15
leila3409(金币+1): 5 2011-03-28 07:56:00
leila3409(金币+4): 明明回复5个,可能写错地方了,补上 2011-03-28 13:08:08
楼主没有贴出整个in文件,只能猜想:
1、初始结构没有定义好没?
2. 系综选择是否正确?
3、固定边界没,周期性边界条件。
4、势函数的选择。
可以用可视化软件看轨迹,比如VMD,atomeye等,然后可以直观地知道到底发生了什么。

3楼2011-03-24 15:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

amynihao

金虫 (正式写手)


我看不懂,请高手来回答吧,帮顶。
2楼2011-03-23 20:40:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leila3409

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢分享解决问题的方法 2011-03-28 12:10:35
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-03-24 15:51:24:
楼主没有贴出整个in文件,只能猜想:
1、初始结构没有定义好没?
2. 系综选择是否正确?
3、固定边界没,周期性边界条件。
4、势函数的选择。
可以用可视化软件看轨迹,比如VMD,atomeye等,然后可以直观地知 ...

呵呵,谢谢,这个问题已经解决了。
create_atoms 在创建晶胞时会考虑周期性。而group upper region upper不考虑周期性,所以会多出十个原子来。
4楼2011-03-28 07:55:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上意见出来了 +4 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 8/400 2026-08-29 14:50 by 黄鸟于飞Chao
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 14:23 by jCd0dEvKHShX
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 14:15 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 14:03 by jCd0dEvKHShX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:02 by jCd0dEvKHShX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 10:18 by winsaint
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见