24小时热门版块排行榜    

查看: 1249  |  回复: 4

leila3409

捐助贵宾 (正式写手)


[交流] 【求助】大家帮我看看这多出来的10个原子是从哪里来的?

我用LAMMPS建了一个SIGMA5晶界,用了下面的语句
lattice bcc ${latparam}
region whole block 0.000000 9.02928935 -9.02928935  9.02928935 0.000000 28.55312  units box
create_box 2 whole
region upper block INF INF 0.000000 9.02928935 INF INF units box
lattice bcc ${latparam} orient x  3 1 0 orient y  1 -3 0 orient z  0 0 -1
create_atoms 1 region upper
region lower block INF INF -9.02928935 0.000000 INF INF units box
lattice bcc ${latparam} orient x 3 1 0 orient y  -1 3 0  orient z  0 0 1
create_atoms 1 region lower
group upper region upper
group lower region lower  
delete_atoms overlap ${overlapdist} lower upper



话说我看了图,好像已经成功了。问题我看不懂计算过程中的一些结果,请高手指点。

结果中显示
create_atoms 1 region upper
Created 200 atoms
create_atoms 1 region lower
Created 200 atoms

group upper region upper
210 atoms in group upper
group lower region lower  
210 atoms in group lower

delete_atoms overlap 0.275 lower upper
System init for delete_atoms ...
Deleted 20 atoms, new total = 380

我想请问,我明明用upper的region做成一个group,这多出来的10个原子是哪里来的?谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amynihao

金虫 (正式写手)


我看不懂,请高手来回答吧,帮顶。
2楼2011-03-23 20:40:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-25 13:27:15
leila3409(金币+1): 5 2011-03-28 07:56:00
leila3409(金币+4): 明明回复5个,可能写错地方了,补上 2011-03-28 13:08:08
楼主没有贴出整个in文件,只能猜想:
1、初始结构没有定义好没?
2. 系综选择是否正确?
3、固定边界没,周期性边界条件。
4、势函数的选择。
可以用可视化软件看轨迹,比如VMD,atomeye等,然后可以直观地知道到底发生了什么。

3楼2011-03-24 15:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leila3409

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢分享解决问题的方法 2011-03-28 12:10:35
引用回帖:
Originally posted by 御剑江湖 at 2011-03-24 15:51:24:
楼主没有贴出整个in文件,只能猜想:
1、初始结构没有定义好没?
2. 系综选择是否正确?
3、固定边界没,周期性边界条件。
4、势函数的选择。
可以用可视化软件看轨迹,比如VMD,atomeye等,然后可以直观地知 ...

呵呵,谢谢,这个问题已经解决了。
create_atoms 在创建晶胞时会考虑周期性。而group upper region upper不考虑周期性,所以会多出十个原子来。
4楼2011-03-28 07:55:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lokidrift

金虫 (小有名气)


leila3409(金币+10): 给你金币买糖吃 2011-03-28 13:10:11
有福利呀~
5楼2011-03-28 13:08:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 leila3409 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3 kynobel 2026-08-23 3/150 2026-08-29 21:57 by 余韵清
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:33 by 4qO8zhfjr2AX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:11 by 4qO8zhfjr2AX
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 20:07 by winsaint
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 17:30 by 4FFAWE8HcgUD
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 17:22 by 4FFAWE8HcgUD
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-29 11:49 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-29 11:18 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
请填处理意见