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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » data文件的问题
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xinmaoqin

银虫 (小有名气)

[求助] data文件的问题

我用MS建模之后导出，再用msi2lmp工具转化为data文件，但是得到的文件里边只有原子的数目及类型，键、健角的类型、数目，没有各原子的坐标信息，求高手指导啊~~
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1楼 2012-10-23 21:41:38
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-12 14:24:44
具体说明一下， Ms 导出的car文件有原子坐标， 把你的文件贴出来看看
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2楼2012-12-12 14:20:46
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xinmaoqin

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-12 14:20:46
具体说明一下， Ms 导出的car文件有原子坐标， 把你的文件贴出来看看

这个问题已经解决了，没用那个工具转化，MS输出之后就直接按照data文件要求格式修改了
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3楼2012-12-12 18:33:56
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向东1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xinmaoqin at 2012-12-12 18:33:56
这个问题已经解决了，没用那个工具转化，MS输出之后就直接按照data文件要求格式修改了...

请问下楼主，MS输出成什么格式的啊？是.pdb吗？后续怎么改啊
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专业
4楼2013-10-31 20:17:46
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天道and酬勤

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-01 08:35:11
引用回帖:
4楼: Originally posted by 向东1988 at 2013-10-31 20:17:46
请问下楼主，MS输出成什么格式的啊？是.pdb吗？后续怎么改啊...

按照lammps手册上的atom style修改，比如in文件中atom style 是atomic，就有特定的data格式。你用MS导出的话导出car格式可以的，导出之前赋予cvff力场，再用工具转化。
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游走在学术海洋的小鱼
5楼2013-10-31 22:42:25
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向东1988

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 天道and酬勤 at 2013-10-31 22:42:25
按照lammps手册上的atom style修改，比如in文件中atom style 是atomic，就有特定的data格式。你用MS导出的话导出car格式可以的，导出之前赋予cvff力场，再用工具转化。...

这个aomic类型的data格式是什么样的啊？去哪里看呢？
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专业
6楼2013-11-01 09:18:41
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天道and酬勤

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 向东1988 at 2013-11-01 09:18:41
这个aomic类型的data格式是什么样的啊？去哪里看呢？...

手册中read data命令介绍中有， http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html
55555.png
data文件的问题
55555.png
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游走在学术海洋的小鱼
7楼2013-11-01 11:56:37
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