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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】新手请教分子模拟问题
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天下为公5592

铜虫 (著名写手)

[交流] 【求助】新手请教分子模拟问题 已有5人参与

我想做氨基酸或多肽在方解石表面的动力学模拟，用哪个软件比较好？

我只知道人家有用Material Studio做模拟的。

还有个问题是：蒙特卡罗模拟到底是用什么软件？是自己编程的吗？

谢谢指点！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:19 ]
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1楼 2008-11-23 08:42:10
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
csfn(金币+2,VIP+0):3q
因为我只是用过分子动力学模拟，这不是我的主要研究内容，因此也就并没有比较所有这些分子动力学模拟软件的优劣。但是有一点我可以说，其实每个分子动力学模拟软件的实现的“理论”都是一样的，它们之间的不同很大程度上是由于采用的分子力场的不同。
因此我的建议是尽量去选择合适你的研究体系的分子力场，比如说像倾向于蛋白质研究而开发的cvff, amber力场等很可能就不是最适合你的研究体系的。然后再根据这个力场去选择软件，这是一种考察方式和选择方法，仅供参考。
对于你的体系我没有发言权，对于分子动力学软件比较我也没有发言权，有赖于你自己去考察，仅希望愚见能对你有所帮助
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2008-11-23 13:38:18
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普通回帖

fansw1129

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
蒙特卡罗是一种方法
如果搞的好的话,可以做很多的工作
现在需要自己写程序
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2楼2008-11-23 08:48:32
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天下为公5592

铜虫 (著名写手)
请问：是用C语言编写吗？用什么软件编程呢？
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3楼2008-11-23 10:37:06
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 欢迎光临
内容已删除
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-11-23 11:55:40
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天下为公5592

铜虫 (著名写手)
十分感谢您的回答，对我启发很大，我想做方解石晶体表面与氨基酸的分子动力学模拟，你说哪个软件比较适合呢？
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5楼2008-11-23 13:21:35
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天下为公5592

铜虫 (著名写手)
十分感谢！我自己再去摸索摸索。你的建议对我相当有帮助！希望以后能与你多交流。我邮箱：wcm_tom2006@yahoo.com.cn
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7楼2008-11-23 14:07:57
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):3Q
MC还不够 如果想真正做点动力学的东西的话 KMC是不错的选择 不过CODE很难得 需要自己写
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8楼2008-11-23 23:29:19
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gredream

禁虫 (正式写手)
★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！欢迎再次光临模拟版！
lei0736(金币+0,VIP+0):11楼有解释 动力学MC是含时的 MD不是万能的 各有所长
本帖内容被屏蔽
9楼2008-11-29 11:43:27
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
csfn(金币+0,VIP+0):你问的，11楼回复了:-)
什么MC啊？ KMC？CODE？一头雾水啊
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
10楼2008-11-29 21:03:31
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