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【求助】新手请教分子模拟问题 已有5人参与
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我想做氨基酸或多肽在方解石表面的动力学模拟，用哪个软件比较好？ 我只知道人家有用Material Studio做模拟的。 还有个问题是：蒙特卡罗模拟到底是用什么软件？是自己编程的吗？ 谢谢指点！ [ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:19 ] |
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gwdavid
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
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因为我只是用过分子动力学模拟，这不是我的主要研究内容，因此也就并没有比较所有这些分子动力学模拟软件的优劣。但是有一点我可以说，其实每个分子动力学模拟软件的实现的“理论”都是一样的，它们之间的不同很大程度上是由于采用的分子力场的不同。 因此我的建议是尽量去选择合适你的研究体系的分子力场，比如说像倾向于蛋白质研究而开发的cvff, amber力场等很可能就不是最适合你的研究体系的。然后再根据这个力场去选择软件，这是一种考察方式和选择方法，仅供参考。 对于你的体系我没有发言权，对于分子动力学软件比较我也没有发言权，有赖于你自己去考察，仅希望愚见能对你有所帮助 |
6楼2008-11-23 13:38:18
fansw1129
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3楼2008-11-23 10:37:06
gwdavid
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gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！欢迎再次光临模拟版！
lei0736(金币+0,VIP+0):11楼有解释 动力学MC是含时的 MD不是万能的 各有所长
gwdavid(金币+2,VIP+0):谢谢交流！欢迎再次光临模拟版！
lei0736(金币+0,VIP+0):11楼有解释 动力学MC是含时的 MD不是万能的 各有所长
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9楼2008-11-29 11:43:27
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