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天下为公5592

铜虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】新手请教分子模拟问题已有5人参与

我想做氨基酸或多肽在方解石表面的动力学模拟，用哪个软件比较好？

我只知道人家有用Material Studio做模拟的。

还有个问题是：蒙特卡罗模拟到底是用什么软件？是自己编程的吗？

谢谢指点！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:19 ]

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1楼 2008-11-23 08:42:10

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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

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专业: 生化分析及生物传感

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
csfn(金币+2,VIP+0):3q

因为我只是用过分子动力学模拟，这不是我的主要研究内容，因此也就并没有比较所有这些分子动力学模拟软件的优劣。但是有一点我可以说，其实每个分子动力学模拟软件的实现的“理论”都是一样的，它们之间的不同很大程度上是由于采用的分子力场的不同。
因此我的建议是尽量去选择合适你的研究体系的分子力场，比如说像倾向于蛋白质研究而开发的cvff, amber力场等很可能就不是最适合你的研究体系的。然后再根据这个力场去选择软件，这是一种考察方式和选择方法，仅供参考。
对于你的体系我没有发言权，对于分子动力学软件比较我也没有发言权，有赖于你自己去考察，仅希望愚见能对你有所帮助