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Wendydudu

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教分子动力学模拟软件选择

新手，从零开始学习分子动力学模拟。
打算做离子导体电导率的计算，也就是要算方均位移。除此之外，材料的应力性能，尤其是热应力性能是否能够计算出？
正在学习了解lammps，据称其计算能力强大，前后处理稍弱，如果用lammps大量的数据是如何处理的？
另外MS的discover有什么特点？
其他的分子动力学模拟软件有哪些？各有什么特点？
最后，是否能够通过分子动力学计算反应的活化能垒？
新人问题问题比较多，还望大家不吝赐教。感激不尽。

问题太多，能帮忙回答一条也是行。

[ Last edited by Wendydudu on 2010-11-10 at 15:33 ]
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1楼2010-11-10 11:15:33
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xianggui7895

银虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2):感谢交流！ 2010-11-13 13:29:43
Wendydudu(金币+5):谢谢你的帮助。不打算进入到量子力学领域，所以不打算通过密度泛函计算势函数，至少目前是这样的。能否再问下dlpoly大概是什么样的，有些什么特点？ 2010-11-15 09:15:03
我也做过一段是的md计算，用的是cpmd，可以从密度泛函计算作用势，如果你的体系没有合适的势函数，可以考虑这个。经典md的话，lammps和dlpoly是用的比较多的，discover功能肯定没有多强大，只是前后处理比较方便
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2楼2010-11-12 22:11:49
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xianggui7895

银虫 (小有名气)
★ ★
mingdong(金币+2):感谢交流！ 2010-11-15 21:27:11
Wendydudu(金币+2):恩，谢谢你。 2010-11-16 20:09:53
DLPOLY: http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/
看网站介绍吧 我也说不清有什么特点 和lammps都是通用的主流的经典md软件
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3楼2010-11-15 15:23:10
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cdxy

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
mingdong(金币+2):感谢交流！ 2010-11-15 21:27:33
Wendydudu(金币+2):感谢交流！ 2010-11-16 20:08:51
http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html
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4楼2010-11-15 15:37:00
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zhaoyanfei

木虫 (小有名气)
★
dongdong3881(金币+1):多谢指导 2010-11-16 19:51:25
Wendydudu(金币+2):谢谢。能再详细点吗？ 2010-11-16 20:09:34
NAMD是一款功能强大的分子动力学软件，源代码开源，不过一般建议在Linux下用，你可以试试……
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5楼2010-11-16 10:38:02
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yongma2008

木虫 (著名写手)
Wendydudu(金币+5): 感谢交流！ 2011-03-15 19:02:44
gromacs也行。
http://www.gromacs.org/
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6楼2010-12-25 21:03:12
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Wendydudu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cdxy at 2010-11-15 15:37:00:
http://lammps.sandia.gov/doc/Manual.html

NAMD适用于生物大分子。
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7楼2011-03-15 21:18:41
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Wendydudu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhaoyanfei at 2010-11-16 10:38:02:
NAMD是一款功能强大的分子动力学软件，源代码开源，不过一般建议在Linux下用，你可以试试……

NAMD适用于生物大分子。
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8楼2011-03-15 21:19:09
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Wendydudu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongma2008 at 2010-12-25 21:03:12:
gromacs也行。
http://www.gromacs.org/

gromacs也是适用于生物大分子。
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9楼2011-03-15 21:20:05
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hangqing68

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhangguangping: , 建议重新开贴求助！ 2012-03-28 14:20:02
我想做Al-Si合金分子动力学模拟，适合用哪个软件？哪位高人能否指点一下，不慎感激
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10楼2012-03-28 09:10:58
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by hangqing68 at 2012-03-28 09:10:58
我想做Al-Si合金分子动力学模拟，适合用哪个软件？哪位高人能否指点一下，不慎感激

LAMMPS EAM势函数
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11楼2013-05-27 09:16:55
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yuyi2009

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
师兄这是你好几年的帖子，我也要走您的路了。新手，要计算催化剂和基团结合的活化能垒，请问你知道在怎么实现么？
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12楼2014-08-28 14:21:53
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