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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】分子动力学软件的速度 已有8人参与

用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较
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1楼 2010-09-09 21:40:06
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

azengjuan

铁虫 (小有名气)
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 13:00:22
听说LAMMPS作并行相对来说会快点
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3楼2010-09-10 10:23:10
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普通回帖

wdali

金虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 10:00:07
没用过，但是我琢磨着，速度都不可能快的
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统治这个世界的是想象力
2楼2010-09-10 09:08:42
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sunburst8796

木虫 (小有名气)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-10 13:00:29
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Originally posted by yahoohoo at 2010-09-09 21:40:06:
用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较

Gromacs 挺快的，还有Desmond,我在单机多核条件下运行，体系为30000+原子，配置是i3,4G内存，GMX不并行0.9ns/day,desmond并行2.2ns/day
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4楼2010-09-10 10:27:26
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nwpuqc

木虫 (小有名气)
★
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想用但不会
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5楼2010-09-10 10:33:14
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sunburst8796 at 2010-09-10 10:27:26:

Gromacs 挺快的，还有Desmond,我在单机多核条件下运行，体系为30000+原子，配置是i3,4G内存，GMX不并行0.9ns/day,desmond并行2.2ns/day

有没有考虑过快的原因的？
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6楼2010-09-10 15:21:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
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Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 15:21:20:


有没有考虑过快的原因的？

GMX和DESMOND貌似都是采用了比较新颖的算法，所以在保证精度的同时提升了计算的速度。
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7楼2010-09-10 23:05:17
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:05:17:

GMX和DESMOND貌似都是采用了比较新颖的算法，所以在保证精度的同时提升了计算的速度。

关于什么的新颖算法呢？
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8楼2010-09-10 23:34:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
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Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 23:34:56:


关于什么的新颖算法呢？

GROMACS进行了大量的算法的优化，使其计算功能更强大。
例如：在计算矩阵的逆时，算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算，无论是在Linux还是MacOSX.系统上，它都要比其它软件快3-10倍，而且GROMACS提高计算速度的同时也保证了计算精度。 但是，具体是怎么优化的，我并不是很清楚，不好意思
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9楼2010-09-10 23:38:19
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:38:19:

GROMACS进行了大量的算法的优化，使其计算功能更强大。
例如：在计算矩阵的逆时，算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算，无论是在Linux还是MacO ...

所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算，而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的，在INTEL cpu中对应SSEx，在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传的大量的算法优化，我们还是不要轻信，:-) 。
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10楼2010-09-10 23:42:27
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