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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】分子动力学软件的速度 已有8人参与

用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较
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azengjuan

铁虫 (小有名气)

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 13:00:22
听说LAMMPS作并行相对来说会快点
3楼2010-09-10 10:23:10
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普通回帖

wdali

金虫 (正式写手)

★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 10:00:07
没用过,但是我琢磨着,速度都不可能快的
统治这个世界的是想象力
2楼2010-09-10 09:08:42
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sunburst8796

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-10 13:00:29
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-09 21:40:06:
用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较

Gromacs 挺快的,还有Desmond,我在单机多核条件下运行,体系为30000+原子,配置是i3,4G内存,GMX不并行0.9ns/day,desmond并行2.2ns/day
4楼2010-09-10 10:27:26
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nwpuqc

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
想用但不会
5楼2010-09-10 10:33:14
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sunburst8796 at 2010-09-10 10:27:26:

Gromacs 挺快的,还有Desmond,我在单机多核条件下运行,体系为30000+原子,配置是i3,4G内存,GMX不并行0.9ns/day,desmond并行2.2ns/day

有没有考虑过快的原因的?
6楼2010-09-10 15:21:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 15:21:20:


有没有考虑过快的原因的?

GMX和DESMOND貌似都是采用了比较新颖的算法,所以在保证精度的同时提升了计算的速度。
7楼2010-09-10 23:05:17
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:05:17:

GMX和DESMOND貌似都是采用了比较新颖的算法,所以在保证精度的同时提升了计算的速度。

关于什么的新颖算法呢?
8楼2010-09-10 23:34:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 23:34:56:


关于什么的新颖算法呢?

GROMACS进行了大量的算法的优化,使其计算功能更强大。
例如:在计算矩阵的逆时,算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算,无论是在Linux还是MacOSX.系统上,它都要比其它软件快3-10倍,而且GROMACS提高计算速度的同时也保证了计算精度。 但是,具体是怎么优化的,我并不是很清楚,不好意思
9楼2010-09-10 23:38:19
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:38:19:

GROMACS进行了大量的算法的优化,使其计算功能更强大。
例如:在计算矩阵的逆时,算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算,无论是在Linux还是MacO ...

所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算,而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的,在INTEL cpu中对应SSEx,在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传的大量的算法优化,我们还是不要轻信,:-) 。
10楼2010-09-10 23:42:27
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