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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

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[交流] 【讨论】分子动力学软件的速度已有8人参与

用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较

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1楼 2010-09-09 21:40:06

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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

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引用回帖:

Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:38:19:

GROMACS进行了大量的算法的优化，使其计算功能更强大。
例如：在计算矩阵的逆时，算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算，无论是在Linux还是MacO ...

所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算，而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的，在INTEL cpu中对应SSEx，在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传的大量的算法优化，我们还是不要轻信，:-) 。