应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【讨论】分子动力学软件的速度
131/2返回列表12下一页
查看: 2395  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】分子动力学软件的速度 已有8人参与

用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-09 21:40:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

azengjuan

铁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 13:00:22
听说LAMMPS作并行相对来说会快点
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2010-09-10 10:23:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wdali

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-10 10:00:07
没用过，但是我琢磨着，速度都不可能快的
赞一下(2人) 回复此楼
统治这个世界的是想象力
2楼2010-09-10 09:08:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunburst8796

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-10 13:00:29
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-09 21:40:06:
用过Gromacs, NAMD, LAMMPS的同行能否谈谈这些分子动力学软件的速度比较

Gromacs 挺快的，还有Desmond,我在单机多核条件下运行，体系为30000+原子，配置是i3,4G内存，GMX不并行0.9ns/day,desmond并行2.2ns/day
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-09-10 10:27:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nwpuqc

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
想用但不会
回复此楼
5楼2010-09-10 10:33:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by sunburst8796 at 2010-09-10 10:27:26:

Gromacs 挺快的，还有Desmond,我在单机多核条件下运行，体系为30000+原子，配置是i3,4G内存，GMX不并行0.9ns/day,desmond并行2.2ns/day

有没有考虑过快的原因的？
赞一下 回复此楼
6楼2010-09-10 15:21:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 15:21:20:


有没有考虑过快的原因的？

GMX和DESMOND貌似都是采用了比较新颖的算法，所以在保证精度的同时提升了计算的速度。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-09-10 23:05:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:05:17:

GMX和DESMOND貌似都是采用了比较新颖的算法，所以在保证精度的同时提升了计算的速度。

关于什么的新颖算法呢？
赞一下 回复此楼
8楼2010-09-10 23:34:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-10 23:34:56:


关于什么的新颖算法呢？

GROMACS进行了大量的算法的优化，使其计算功能更强大。
例如：在计算矩阵的逆时，算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算，无论是在Linux还是MacOSX.系统上，它都要比其它软件快3-10倍，而且GROMACS提高计算速度的同时也保证了计算精度。 但是，具体是怎么优化的，我并不是很清楚，不好意思
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-09-10 23:38:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-10 23:38:19:

GROMACS进行了大量的算法的优化，使其计算功能更强大。
例如：在计算矩阵的逆时，算法的内循环会根据自身系统的特点自动选择由C语言或 Fortran来编译。GROMACS中对Altivec loops的计算，无论是在Linux还是MacO ...

所答非所问。

分子模拟最耗时的不是矩阵运算，而是短程非键合作用的计算。

AltiVec是有关 Single Instruction Multiple Data的，在INTEL cpu中对应SSEx，在AMD中则是AltiVec。

至于软件作者所宣传的大量的算法优化，我们还是不要轻信，:-) 。
赞一下 回复此楼
10楼2010-09-10 23:42:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yahoohoo 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 265求调剂 +6 梁梁校校 2026-03-17 6/300 2026-03-20 08:59 by ZHANG0tao
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 6/300 2026-03-19 17:18 by fei626-918
[考研] 286求调剂 +6 lemonzzn 2026-03-16 10/500 2026-03-19 14:31 by lemonzzn
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 311求调剂 +6 26研0 2026-03-15 6/300 2026-03-18 14:43 by haxia
[考研] 一志愿西南交大，求调剂 +4 材化逐梦人 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:22 by 007_lilei
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 0703化学求调剂 总分331 +3 ZY-05 2026-03-13 3/150 2026-03-18 10:58 by macy2011
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:21 by kkcoco25
[考研] 278求调剂 +5 烟火先于春 2026-03-17 5/250 2026-03-18 08:43 by 星空星月
[基金申请] 被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭