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请教各位,分子动力学模拟NVE系统,不对速度进行标度可以吗?
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fannieyang
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请教各位,分子动力学模拟NVE系统,不对速度进行标度可以吗?
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初始设定好一个速度分布,数值求解运动方程,能量应该会一直守恒吧?
相对于有热浴作用的NVT系统,是不是孤立的NVE系统达到平衡态的时间更长呢?多谢~~
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2012-03-12 16:18:43
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2012-03-13 07:55:53
(1) 是的,如果动力学积分算法的精确性足够高的话。我曾经遇到一个晶体模拟,需要使用4级Rung-Kuta算法才能保证能量守恒。Verlet失效。但是,对于一般体系我相信Verlet足够好了。
(2) NVE和NVT哪个更快弛豫到平衡状态,没有比较过。应该差不太多。这个应该与盒子大小,体系柔性,初始构型有关。一般小分子溶液体系可在约数个ps级别内能够达到能量、温度平衡。
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2楼
2012-03-13 03:59:34
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zh1987hs(金币+2): 谢谢
2012-03-13 07:56:04
但是,还是建议你在NVE之前做velocity-scaling NVT模拟。我最近的几个体系表明,不做NVT预平衡的,直接NVE出来的平衡温度与目标温度差别很远。
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3楼
2012-03-13 04:01:42
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3楼
:
Originally posted by
ChemiAndy
at 2012-03-13 04:01:42:
但是,还是建议你在NVE之前做velocity-scaling NVT模拟。我最近的几个体系表明,不做NVT预平衡的,直接NVE出来的平衡温度与目标温度差别很远。
在非周期性条件下,可是做不了NVT呢?
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4楼
2012-03-13 22:52:56
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做NT即可,即对Cluster的MD设定温度和热浴方法。
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2012-03-14 01:52:28
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2012-03-14 08:48:14
非周期性条件也可以做NVT,而且习惯上是先做NVT热浴是系统的温度调节到一个相对稳定的值,然后再做NVE,相当于一个弛豫和检验稳定的阶段。至于NVT和NVE达到稳定的时间,个人经验来讲是NVT要快。
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6楼
2012-03-14 07:08:55
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2012-03-14 09:28:26
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想问一下,你们做溶液或者熔体之类的用的大多什么软件?
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8楼
2012-04-01 10:48:16
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