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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教各位，分子动力学模拟NVE系统，不对速度进行标度可以吗？
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fannieyang

金虫 (小有名气)

[交流] 请教各位，分子动力学模拟NVE系统，不对速度进行标度可以吗？ 已有5人参与

初始设定好一个速度分布，数值求解运动方程，能量应该会一直守恒吧？

相对于有热浴作用的NVT系统，是不是孤立的NVE系统达到平衡态的时间更长呢？多谢~~
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1楼 2012-03-12 16:18:43
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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zh1987hs(金币+5): 谢谢 2012-03-13 07:55:53
(1) 是的，如果动力学积分算法的精确性足够高的话。我曾经遇到一个晶体模拟，需要使用4级Rung-Kuta算法才能保证能量守恒。Verlet失效。但是，对于一般体系我相信Verlet足够好了。

(2) NVE和NVT哪个更快弛豫到平衡状态，没有比较过。应该差不太多。这个应该与盒子大小，体系柔性，初始构型有关。一般小分子溶液体系可在约数个ps级别内能够达到能量、温度平衡。
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2楼2012-03-13 03:59:34
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2012-03-13 07:56:04
但是，还是建议你在NVE之前做velocity-scaling NVT模拟。我最近的几个体系表明，不做NVT预平衡的，直接NVE出来的平衡温度与目标温度差别很远。
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3楼2012-03-13 04:01:42
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lbbz323

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-03-13 04:01:42:
但是，还是建议你在NVE之前做velocity-scaling NVT模拟。我最近的几个体系表明，不做NVT预平衡的，直接NVE出来的平衡温度与目标温度差别很远。

在非周期性条件下，可是做不了NVT呢？
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4楼2012-03-13 22:52:56
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
做NT即可，即对Cluster的MD设定温度和热浴方法。
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5楼2012-03-14 01:52:28
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5): 给个红包，谢谢回帖
chaizhm(金币+3): 2012-03-14 08:48:14
非周期性条件也可以做NVT，而且习惯上是先做NVT热浴是系统的温度调节到一个相对稳定的值，然后再做NVE，相当于一个弛豫和检验稳定的阶段。至于NVT和NVE达到稳定的时间，个人经验来讲是NVT要快。
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6楼2012-03-14 07:08:55
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409431020

铜虫 (初入文坛)
杰哥??
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7楼2012-03-14 09:28:26
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zx2456

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想问一下，你们做溶液或者熔体之类的用的大多什么软件？
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8楼2012-04-01 10:48:16
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