| 查看: 6570 | 回复: 14 | ||||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||||||
[交流]
请教分子力学与分子动力学的区别
|
||||||||
| 两者有什么区别？希望大家讨论讨论~ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 先进材料与分子模拟 | MD分子动力学 | 催化与分子模拟 | 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学 |
| 分子力学 |
» 猜你喜欢
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有8人回复
-
请教限项目规定
已经有5人回复
-
最失望的一年
已经有16人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有33人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有3人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
-
26申博
已经有3人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有10人回复
-
基金申报
已经有6人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教各位，分子动力学模拟NVE系统，不对速度进行标度可以吗？
已经有7人回复
- 分子动力学模拟长程库仑势的处理问题
已经有8人回复
- 请问各位熟悉分子动力学模拟的朋友，熟悉精通MS的分子动力学模拟需要多久？
已经有17人回复
- 【讨论】关于汽液两相分子动力学模拟中粒子在汽液两相盒子交换的编程问题
已经有3人回复
- 【讨论】大家好，加水后跑完分子动力学，在log中发现了问题
已经有15人回复
- 【求助】分子动力学模拟尺度问题？
已经有11人回复
- 【求助】请教vasp计算恒温第一原理分子动力学
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
浙江师范大学招收大气遥感、光学或人工智能方向的2026年物理学博士生1名
+2/280
-
南京大学智能驱动与感知材料实验室诚招硕士/科研助理
+1/271
-
中南林科大-自然资源与生态环境管理-博士招生（导师本人发布）
+1/87
-
大连理工大学智能系统实验室优秀硕博研究生招生
+1/83
-
上海交通大学变革分子学中心申涛课题组2026秋季入学推荐-考核制博士招生（有机）
+1/78
-
哈尔滨工业大学王东博课题组/中科院上海微系统所梁丽娟课题组招收2026年博士生1名
+1/70
-
[长期合作招募] 同济大学肖倩老师团队诚邀港澳学者学术交流
+1/56
-
西交利物浦大学黄彪院士招收26年全奖博士生1名（工业智能方向）
+1/49
-
211双一流北京工业大学招计算机、AI、自动控制、电子信息等方向博士生（长期有效）
+1/40
-
2026湖南科技大学化学化工学院招新能源电池方向博士生
+1/38
-
坐标广州，诚征男友，大个子女生，非诚勿扰
+2/36
-
上海交通大学 碳纳米管、阵列、器件应用博士后招聘
+1/34
-
[长期合作招募] 同济大学肖倩老师团队诚邀港澳学者学术交流
+1/27
-
上海理工大学“新能源材料”专业-赵斌教授招收申请考核制博士生【能源催化方向】
+1/24
-
专科起点双非硕士，申博求建议
+1/21
-
93年坐标北京，征女友
+1/17
-
云南大学智能光电子课题组招收申请-考核博士研究生1名（光电、光学）
+1/16
-
中国科学院大连化学物理研究所-环境催化工程研究组（DNL 902组）事业编外项目聘用人员
+2/14
-
生殖医学与子代健康全国重点实验室华鹏课题组招收博士后及研究生(长期有效)
+1/2
-
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）
+1/2
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+5): 2011-09-15 11:18:10
cenwanglai(模拟EPI+1): 2011-09-15 11:18:27
shengxiang(金币+8): 2011-09-17 21:55:57
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+5): 2011-09-15 11:18:10
cenwanglai(模拟EPI+1): 2011-09-15 11:18:27
shengxiang(金币+8): 2011-09-17 21:55:57
|
不同意楼上的说法。简单说，分子动力学是一种基于统计热力学的分子模拟的采样方法；任何一种模拟方法都需要计算能量，而分子力学则是计算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是弹簧连成的小球；基于分子力学的模拟叫经典分子模拟。你还可以用量子力学计算能量去跑动力学，那叫量子分子动力学模拟。量子力学的核心思想是把分子看成是由电子云连接起来的原子核。所以量子力学又叫电子结构计算。 那你会问，采样和计算能量的区别：采样就像你要去另外一个城市，这是目的；而计算能量的不同方法好比你坐汽车或坐飞机。 为什么要采样呢？采样，Sampling，是研究材料性质，或一种变化过程的方法，它基于这样一种想法，即物质呈现的宏观性质，是由许多微观状态决定的；不同的微观状态，有不同的体积，能量，压强等性质；体系，即分子原子的集合，在不同的状态（位置）之间来回快速切换；实验测量的体积，密度等性质，其实是所有这些微观状态的平均值。只要你能模拟到许多微观状态，你就能通过求平均获得宏观的测量值，去和实验值比较。这其实是平衡态统计热力学的核心思想。此外还有非平衡态的统计热力学。核心思想都一样：采样！即尽可能找到那些最可能出现的微观状态，然后统计求平均。 怎么采？你搭了一个盒子，一个初始构象，怎么驱动原子分子在设定的外界条件比如温度，压力下访问一些可能的状态？这主要有2种方法：MD,或MC。MD,动力学，按照牛顿老人家的说法，原子分子也就是些球球，它们在力的作用下会运动，那好，我计算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，让它自动去跑，这叫模仿自然演进。l另外一种采样方法，MC，蒙特卡洛，是随机动力学方法，不考虑受力，原子的移动是随机的，至于移动的合理不合理，那由下一步的能量决定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根据能量高多少来决定接受的概率。由此可见，MD和MC同属于采样方法，但核心思想有较大差别。它们唯一的共同点是，需要计算每一步的能量。（分子动力学MD中计算力，而原子受力是体系能量对原子坐标的一阶导。记住这句话。） 正如上面所说，计算能量可以用分子力学，也可以用量子力学。注意，用量子力学不等于考虑了原子的量子效应。因为分子动力学本质上是依照牛顿经典力学方法，所以，所谓量子分子动力学，其模拟结果也是在经典力学极限下的模拟。“量子力学”中的“量子”，只处理电子的量子效应，与原子，分子的量子效应没有一毛钱的关系。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
shengxiang3楼2011-09-15 04:50:59
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-15 20:35:54
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-15 20:35:54
|
不同意楼上的说法。简单说，分子动力学是一种基于统计热力学的分子模拟的采样方法；任何一种模拟方法都需要计算能量，而分子力学则是计算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是弹簧连成的小球；基于分子力学的模拟叫经典分子模拟。你还可以用量子力学计算能量去跑动力学，那叫量子分子动力学模拟。量子力学的核心思想是把分子看成是由电子云连接起来的原子核。所以量子力学又叫电子结构计算。 那你会问，采样和计算能量的区别：采样就像你要去另外一个城市，这是目的；而计算能量的不同方法好比你坐汽车或坐飞机。 为什么要采样呢？采样，Sampling，是研究材料性质，或一种变化过程的方法，它基于这样一种想法，即物质呈现的宏观性质，是由许多微观状态决定的；不同的微观状态，有不同的体积，能量，压强等性质；体系，即分子原子的集合，在不同的状态（位置）之间来回快速切换；实验测量的体积，密度等性质，其实是所有这些微观状态的平均值。只要你能模拟到许多微观状态，你就能通过求平均获得宏观的测量值，去和实验值比较。这其实是平衡态统计热力学的核心思想。此外还有非平衡态的统计热力学。核心思想都一样：采样！即尽可能找到那些最可能出现的微观状态，然后统计求平均。 怎么采？你搭了一个盒子，一个初始构象，怎么驱动原子分子在设定的外界条件比如温度，压力下访问一些可能的状态？这主要有2种方法：MD,或MC。MD,动力学，按照牛顿老人家的说法，原子分子也就是些球球，它们在力的作用下会运动，那好，我计算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，让它自动去跑，这叫模仿自然演进。l另外一种采样方法，MC，蒙特卡洛，是随机动力学方法，不考虑受力，原子的移动是随机的，至于移动的合理不合理，那由下一步的能量决定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根据能量高多少来决定接受的概率。由此可见，MD和MC同属于采样方法，但核心思想有较大差别。它们唯一的共同点是，需要计算每一步的能量。（分子动力学MD中计算力，而原子受力是体系能量对原子坐标的一阶导。记住这句话。） 正如上面所说，计算能量可以用分子力学，也可以用量子力学。注意，用量子力学不等于考虑了原子的量子效应。因为分子动力学本质上是依照牛顿经典力学方法，所以，所谓量子分子动力学，其模拟结果也是在经典力学极限下的模拟。“量子力学”中的“量子”，只处理电子的量子效应，与原子，分子的量子效应没有一毛钱的关系。 |
4楼2011-09-15 04:51:28
|
网上有人如下解释二者的区别， 分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)简称为MD模拟，其基本模拟过程是在一定系综及已知分子位能函数的条件下，从计算分子间作用力着手，求解牛顿运动方程，得到体系中每个分子微观状态随时间的真正变化，再将粒子的位置和动量组成的微观状态对时间平均，即可求出体系的压力、能量、粘度等宏观性质以及组成粒子的空间分布等微观结构。该方法既可计算体系的平衡性质，也可计算体系的各种动力学性质。 分子力学是用计算机在原子水平上模拟给定分子模型的结构与性质，进而得到分子的各种物理性质与化学性质，如结构参数、振动频率、构象能量、相互作用能量、偶极矩、密度、摩尔体积、汽化焓等。用于复杂体系的计算，Force Field (力场)： Amber CHARMM OPLS UFF 这段话你怎么理解？是否正确？ |
6楼2011-09-15 21:16:52
10楼2012-02-16 23:10:36
2楼2011-09-14 17:46:58
5楼2011-09-15 13:43:10
7楼2011-09-15 23:22:17
8楼2011-09-16 01:01:29
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-09-17 15:17:42
shengxiang(金币+1): 2011-09-17 21:56:11
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-09-17 15:17:42
shengxiang(金币+1): 2011-09-17 21:56:11
 本帖仅楼主可见 |
9楼2011-09-16 15:31:47
11楼2012-04-30 10:40:43
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
12楼2012-05-27 22:27:59
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
13楼2012-05-27 22:55:53
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
14楼2012-05-28 21:10:18
15楼2014-12-21 14:17:37