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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教分子力学与分子动力学的区别
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 请教分子力学与分子动力学的区别

两者有什么区别？希望大家讨论讨论~
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先进材料与分子模拟 MD分子动力学 催化与分子模拟 模型 - 模拟 - 统计 - 热力学
分子力学

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1楼 2011-09-14 14:29:53
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-09-15 04:51:28:
不同意楼上的说法。简单说，分子动力学是一种基于统计热力学的分子模拟的采样方法；任何一种模拟方法都需要计算能量，而分子力学则是计算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是弹簧连成的小球；基于分子力学的模 ...

网上有人如下解释二者的区别，

分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)简称为MD模拟，其基本模拟过程是在一定系综及已知分子位能函数的条件下，从计算分子间作用力着手，求解牛顿运动方程，得到体系中每个分子微观状态随时间的真正变化，再将粒子的位置和动量组成的微观状态对时间平均，即可求出体系的压力、能量、粘度等宏观性质以及组成粒子的空间分布等微观结构。该方法既可计算体系的平衡性质，也可计算体系的各种动力学性质。

分子力学是用计算机在原子水平上模拟给定分子模型的结构与性质，进而得到分子的各种物理性质与化学性质，如结构参数、振动频率、构象能量、相互作用能量、偶极矩、密度、摩尔体积、汽化焓等。用于复杂体系的计算，Force Field (力场)： Amber CHARMM OPLS UFF

这段话你怎么理解？是否正确？
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6楼2011-09-15 21:16:52
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greatqi

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
凭借个人的一些经验认为: 分子力学是属于量子力学的范畴，但是与从头算的区别在于它借助了一些经验参数求解薛定谔方程，从而求得分子的各个参数。 而分子动力学属于牛顿力学的范畴，借助位置和时间来求解分子的状态。
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2楼2011-09-14 17:46:58
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+5): 2011-09-15 11:18:10
cenwanglai(模拟EPI+1): 2011-09-15 11:18:27
shengxiang(金币+8): 2011-09-17 21:55:57
不同意楼上的说法。简单说，分子动力学是一种基于统计热力学的分子模拟的采样方法；任何一种模拟方法都需要计算能量，而分子力学则是计算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是弹簧连成的小球；基于分子力学的模拟叫经典分子模拟。你还可以用量子力学计算能量去跑动力学，那叫量子分子动力学模拟。量子力学的核心思想是把分子看成是由电子云连接起来的原子核。所以量子力学又叫电子结构计算。

那你会问，采样和计算能量的区别：采样就像你要去另外一个城市，这是目的；而计算能量的不同方法好比你坐汽车或坐飞机。

为什么要采样呢？采样，Sampling，是研究材料性质，或一种变化过程的方法，它基于这样一种想法，即物质呈现的宏观性质，是由许多微观状态决定的；不同的微观状态，有不同的体积，能量，压强等性质；体系，即分子原子的集合，在不同的状态（位置）之间来回快速切换；实验测量的体积，密度等性质，其实是所有这些微观状态的平均值。只要你能模拟到许多微观状态，你就能通过求平均获得宏观的测量值，去和实验值比较。这其实是平衡态统计热力学的核心思想。此外还有非平衡态的统计热力学。核心思想都一样：采样！即尽可能找到那些最可能出现的微观状态，然后统计求平均。

怎么采？你搭了一个盒子，一个初始构象，怎么驱动原子分子在设定的外界条件比如温度，压力下访问一些可能的状态？这主要有2种方法：MD,或MC。MD,动力学，按照牛顿老人家的说法，原子分子也就是些球球，它们在力的作用下会运动，那好，我计算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，让它自动去跑，这叫模仿自然演进。l另外一种采样方法，MC，蒙特卡洛，是随机动力学方法，不考虑受力，原子的移动是随机的，至于移动的合理不合理，那由下一步的能量决定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根据能量高多少来决定接受的概率。由此可见，MD和MC同属于采样方法，但核心思想有较大差别。它们唯一的共同点是，需要计算每一步的能量。（分子动力学MD中计算力，而原子受力是体系能量对原子坐标的一阶导。记住这句话。）

正如上面所说，计算能量可以用分子力学，也可以用量子力学。注意，用量子力学不等于考虑了原子的量子效应。因为分子动力学本质上是依照牛顿经典力学方法，所以，所谓量子分子动力学，其模拟结果也是在经典力学极限下的模拟。“量子力学”中的“量子”，只处理电子的量子效应，与原子，分子的量子效应没有一毛钱的关系。
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shengxiang
3楼2011-09-15 04:50:59
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-09-15 20:35:54
不同意楼上的说法。简单说，分子动力学是一种基于统计热力学的分子模拟的采样方法；任何一种模拟方法都需要计算能量，而分子力学则是计算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是弹簧连成的小球；基于分子力学的模拟叫经典分子模拟。你还可以用量子力学计算能量去跑动力学，那叫量子分子动力学模拟。量子力学的核心思想是把分子看成是由电子云连接起来的原子核。所以量子力学又叫电子结构计算。

那你会问，采样和计算能量的区别：采样就像你要去另外一个城市，这是目的；而计算能量的不同方法好比你坐汽车或坐飞机。

为什么要采样呢？采样，Sampling，是研究材料性质，或一种变化过程的方法，它基于这样一种想法，即物质呈现的宏观性质，是由许多微观状态决定的；不同的微观状态，有不同的体积，能量，压强等性质；体系，即分子原子的集合，在不同的状态（位置）之间来回快速切换；实验测量的体积，密度等性质，其实是所有这些微观状态的平均值。只要你能模拟到许多微观状态，你就能通过求平均获得宏观的测量值，去和实验值比较。这其实是平衡态统计热力学的核心思想。此外还有非平衡态的统计热力学。核心思想都一样：采样！即尽可能找到那些最可能出现的微观状态，然后统计求平均。

怎么采？你搭了一个盒子，一个初始构象，怎么驱动原子分子在设定的外界条件比如温度，压力下访问一些可能的状态？这主要有2种方法：MD,或MC。MD,动力学，按照牛顿老人家的说法，原子分子也就是些球球，它们在力的作用下会运动，那好，我计算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，让它自动去跑，这叫模仿自然演进。l另外一种采样方法，MC，蒙特卡洛，是随机动力学方法，不考虑受力，原子的移动是随机的，至于移动的合理不合理，那由下一步的能量决定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根据能量高多少来决定接受的概率。由此可见，MD和MC同属于采样方法，但核心思想有较大差别。它们唯一的共同点是，需要计算每一步的能量。（分子动力学MD中计算力，而原子受力是体系能量对原子坐标的一阶导。记住这句话。）

正如上面所说，计算能量可以用分子力学，也可以用量子力学。注意，用量子力学不等于考虑了原子的量子效应。因为分子动力学本质上是依照牛顿经典力学方法，所以，所谓量子分子动力学，其模拟结果也是在经典力学极限下的模拟。“量子力学”中的“量子”，只处理电子的量子效应，与原子，分子的量子效应没有一毛钱的关系。
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4楼2011-09-15 04:51:28
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