应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子动力学能量守恒的相关问题
191/2返回列表12下一页
查看: 3331  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gasam

金虫 (小有名气)

[交流] 分子动力学能量守恒的相关问题 已有5人参与

小弟最近在编分子动力学的程序，在测试NVE能量守恒的时候出现偏移，想咨询下各位专家，这个偏移造成的原因？
自己考虑会不会是因为potential用了cutoff后，能量有误差？希望大家能指点下小弟。。。。。  用了cutoff后能量是会有点下降？还是上升？还是不变？
如果不变的话，那个偏移会是什么造成的？我确认了力的式子之类的，都没发现错误。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-21 20:54:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 15:37:54
引用回帖:
6楼: Originally posted by gasam at 2013-11-21 21:24:39
100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol
...

偏差略大，按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长，可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长？如果增加积分精度后还在这个数量级的话，应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步之后的误差大概是你的十分之一左右。不过因为还要积分在个别点附近趋于无穷大的耦合项，我的步长很小，这么多步也只走了50ns，所以需要和你的时间尺度对比下。你可以尝试先不做截断进行计算，排除有bug的可能。

你是不是哪里不小心用单精度数了？
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2013-11-22 15:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-22 15:33:59
cutoff肯定会有误差。在相同量纲下力应该等于能量导数的相反数，你用比较高阶的方法求一下数值导数，看是不是和你的力吻合得足够好。这个偏差就会导致能量不守恒
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-22 02:15:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 03:15:52
cutoff肯定会有误差。在相同量纲下力应该等于能量导数的相反数，你用比较高阶的方法求一下数值导数，看是不是和你的力吻合得足够好。这个偏差就会导致能量不守恒

谢谢啊，但是cutoff引起的误差有没有什么规律啊，比如说比真实的能量大或者是小？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-22 07:53:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:34:05
干嘛自己编分子动力学程序？那么多现成的
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-22 09:05:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:34:13
计算本来就有误差 不考虑算法 两个浮点数的运算直接就会丢失很多有效数字 这个要看最后偏差有多大了
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-22 09:34:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-22 10:34:33
计算本来就有误差 不考虑算法 两个浮点数的运算直接就会丢失很多有效数字 这个要看最后偏差有多大了

100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2013-11-22 10:24:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 10:05:35
干嘛自己编分子动力学程序？那么多现成的

主要是自己算的东西需要改代码，现成的有版权之类的问题

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-22 10:25:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

田宝莲
啊

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2013-11-22 10:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:38:46
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-23 09:51:15
引用回帖:
7楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 10:25:50
主要是自己算的东西需要改代码，现成的有版权之类的问题
...

开源的程序可以自由修改，没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……？
赞一下 回复此楼
9楼2013-11-22 12:49:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 13:49:31
开源的程序可以自由修改，没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……？...

知道，不过修改起来比较麻烦

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
10楼2013-11-22 12:57:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gasam 的主题更新
191/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-16 23:28 by Tql5LQhh5rLK
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 yaCh4X3wd045 2026-09-14 3/150 2026-09-16 20:39 by MHf40yA0Uhyb
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-16 17:27 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 16:51 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:15 by i3KBRD19ERkG
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 16:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +8 两三岁ss 2026-09-14 8/400 2026-09-16 09:46 by 水士口
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:27 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:15 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 05:03 by LH5NkK5Ud4bh
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 04:51 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:50 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 申博发邮件 +4 Lmengk 2026-09-15 4/200 2026-09-16 00:05 by 木心想继续深造
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:23 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:39 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:35 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:49 by VMDqgnlKimtZ
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:22 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭