应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子动力学能量守恒的相关问题
191/2返回列表12下一页
查看: 3276  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gasam

金虫 (小有名气)

[交流] 分子动力学能量守恒的相关问题 已有5人参与

小弟最近在编分子动力学的程序，在测试NVE能量守恒的时候出现偏移，想咨询下各位专家，这个偏移造成的原因？
自己考虑会不会是因为potential用了cutoff后，能量有误差？希望大家能指点下小弟。。。。。  用了cutoff后能量是会有点下降？还是上升？还是不变？
如果不变的话，那个偏移会是什么造成的？我确认了力的式子之类的，都没发现错误。。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-21 20:54:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 15:37:54
引用回帖:
6楼: Originally posted by gasam at 2013-11-21 21:24:39
100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol
...

偏差略大，按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长，可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长？如果增加积分精度后还在这个数量级的话，应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步之后的误差大概是你的十分之一左右。不过因为还要积分在个别点附近趋于无穷大的耦合项，我的步长很小，这么多步也只走了50ns，所以需要和你的时间尺度对比下。你可以尝试先不做截断进行计算，排除有bug的可能。

你是不是哪里不小心用单精度数了？
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2013-11-22 15:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-22 15:33:59
cutoff肯定会有误差。在相同量纲下力应该等于能量导数的相反数，你用比较高阶的方法求一下数值导数，看是不是和你的力吻合得足够好。这个偏差就会导致能量不守恒
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-22 02:15:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 03:15:52
cutoff肯定会有误差。在相同量纲下力应该等于能量导数的相反数，你用比较高阶的方法求一下数值导数，看是不是和你的力吻合得足够好。这个偏差就会导致能量不守恒

谢谢啊，但是cutoff引起的误差有没有什么规律啊，比如说比真实的能量大或者是小？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-22 07:53:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:34:05
干嘛自己编分子动力学程序？那么多现成的
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-22 09:05:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:34:13
计算本来就有误差 不考虑算法 两个浮点数的运算直接就会丢失很多有效数字 这个要看最后偏差有多大了
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-22 09:34:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-22 10:34:33
计算本来就有误差 不考虑算法 两个浮点数的运算直接就会丢失很多有效数字 这个要看最后偏差有多大了

100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2013-11-22 10:24:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 10:05:35
干嘛自己编分子动力学程序？那么多现成的

主要是自己算的东西需要改代码，现成的有版权之类的问题

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2013-11-22 10:25:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

田宝莲
啊

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2013-11-22 10:41:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-22 15:38:46
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-23 09:51:15
引用回帖:
7楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 10:25:50
主要是自己算的东西需要改代码，现成的有版权之类的问题
...

开源的程序可以自由修改，没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……？
赞一下 回复此楼
9楼2013-11-22 12:49:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 13:49:31
开源的程序可以自由修改，没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……？...

知道，不过修改起来比较麻烦

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
10楼2013-11-22 12:57:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gasam 的主题更新
191/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-26 23:24 by xxniao123
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +3 a089 2026-08-26 3/150 2026-08-26 23:21 by young90
[基金申请] 基金不中，共勉 +4 eulota 2026-08-26 4/200 2026-08-26 21:29 by 木风9012
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +26 yaoyewhu2008 2026-08-20 28/1400 2026-08-26 13:49 by zzuzxg
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +4 叶九微 2026-08-26 4/200 2026-08-26 10:52 by xiacongxu
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭