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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子动力学能量守恒的相关问题
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gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 13:49:31
开源的程序可以自由修改，没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……？...

最关键是老师逼我自己写，说不准用那些开源的

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11楼2013-11-22 13:09:52
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moyunfei8899

铜虫 (小有名气)
直接用lammps
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12楼2013-11-22 13:13:56
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virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 15:37:54
引用回帖:
6楼: Originally posted by gasam at 2013-11-21 21:24:39
100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol
...

偏差略大，按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长，可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长？如果增加积分精度后还在这个数量级的话，应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步之后的误差大概是你的十分之一左右。不过因为还要积分在个别点附近趋于无穷大的耦合项，我的步长很小，这么多步也只走了50ns，所以需要和你的时间尺度对比下。你可以尝试先不做截断进行计算，排除有bug的可能。

你是不是哪里不小心用单精度数了？
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13楼2013-11-22 15:19:36
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gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 16:19:36
偏差略大，按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长，可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长？如果增加积分精度后还在这个数量级的话，应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步 ...

我写的是基于bond order，积分步长比较小，0.05fs,10万step,我也觉得误差有点大，我推了下理论值要是再小十分之一就在合理范围内。但是我感觉用了cutoff后nve本身能量就应该不是水平的，应该是有点略微下降，不知道我自己的理解对不
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14楼2013-11-22 20:32:25
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virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-23 09:51:29
引用回帖:
14楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 07:32:25
我写的是基于bond order，积分步长比较小，0.05fs,10万step,我也觉得误差有点大，我推了下理论值要是再小十分之一就在合理范围内。但是我感觉用了cutoff后nve本身能量就应该不是水平的，应该是有点略微下降，不知道 ...

上升或下降取决于你cutoff了什么项以及分子怎么运动。如果实在需要更高精度只好不做cutoff或者提升cutoff threshold再算一次试试了。
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15楼2013-11-22 22:06:44
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 13:09:52
最关键是老师逼我自己写，说不准用那些开源的
...

这样的老板很讨厌，自以为是锻炼学生，其实白白浪费时间。能修改开源包里的程序才是真正的锻炼学生。
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16楼2013-11-23 09:46:19
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gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 23:06:44
上升或下降取决于你cutoff了什么项以及分子怎么运动。如果实在需要更高精度只好不做cutoff或者提升cutoff threshold再算一次试试了。...

好的，谢了啊

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17楼2013-11-23 12:18:20
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-25 18:07:31
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-26 11:26:58
引用回帖:
17楼: Originally posted by gasam at 2013-11-23 12:18:20
好的，谢了啊
...

想到一种方法 就是先用GNU MP 做一个高精度的极短时间模拟 然后通过比较就能观察出来偏差主要从什么地方产生的了 不过想起来就挺麻烦 而且必须很慢……
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18楼2013-11-25 17:14:33
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gasam

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-25 18:14:33
想到一种方法 就是先用GNU MP 做一个高精度的极短时间模拟 然后通过比较就能观察出来偏差主要从什么地方产生的了 不过想起来就挺麻烦 而且必须很慢……...

这是什么方法？我相关资料吗

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19楼2013-11-26 09:17:45
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