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gasam

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 13:49:31
开源的程序可以自由修改,没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……?...

最关键是老师逼我自己写,说不准用那些开源的

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11楼2013-11-22 13:09:52
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moyunfei8899

铜虫 (小有名气)

直接用lammps
12楼2013-11-22 13:13:56
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virtualzx

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2013-11-22 15:37:54
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6楼: Originally posted by gasam at 2013-11-21 21:24:39
100000step
温度大概2200K,每个原子大概偏0.18Kcal/mol
...

偏差略大,按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长,可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长?如果增加积分精度后还在这个数量级的话,应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步之后的误差大概是你的十分之一左右。不过因为还要积分在个别点附近趋于无穷大的耦合项,我的步长很小,这么多步也只走了50ns,所以需要和你的时间尺度对比下。你可以尝试先不做截断进行计算,排除有bug的可能。

你是不是哪里不小心用单精度数了?
13楼2013-11-22 15:19:36
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gasam

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 16:19:36
偏差略大,按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长,可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长?如果增加积分精度后还在这个数量级的话,应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步 ...

我写的是基于bond order,积分步长比较小,0.05fs,10万step,我也觉得误差有点大,我推了下理论值要是再小十分之一就在合理范围内。但是我感觉用了cutoff后nve本身能量就应该不是水平的,应该是有点略微下降,不知道我自己的理解对不
14楼2013-11-22 20:32:25
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virtualzx

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-23 09:51:29
引用回帖:
14楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 07:32:25
我写的是基于bond order,积分步长比较小,0.05fs,10万step,我也觉得误差有点大,我推了下理论值要是再小十分之一就在合理范围内。但是我感觉用了cutoff后nve本身能量就应该不是水平的,应该是有点略微下降,不知道 ...

上升或下降取决于你cutoff了什么项以及分子怎么运动。如果实在需要更高精度只好不做cutoff或者提升cutoff threshold再算一次试试了。
15楼2013-11-22 22:06:44
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sciencejoy

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 13:09:52
最关键是老师逼我自己写,说不准用那些开源的
...

这样的老板很讨厌,自以为是锻炼学生,其实白白浪费时间。能修改开源包里的程序才是真正的锻炼学生。
16楼2013-11-23 09:46:19
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gasam

金虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 23:06:44
上升或下降取决于你cutoff了什么项以及分子怎么运动。如果实在需要更高精度只好不做cutoff或者提升cutoff threshold再算一次试试了。...

好的,谢了啊

[ 发自小木虫客户端 ]
17楼2013-11-23 12:18:20
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yaozhq

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-25 18:07:31
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-26 11:26:58
引用回帖:
17楼: Originally posted by gasam at 2013-11-23 12:18:20
好的,谢了啊
...

想到一种方法 就是先用GNU MP 做一个高精度的极短时间模拟 然后通过比较就能观察出来偏差主要从什么地方产生的了 不过想起来就挺麻烦 而且必须很慢……
18楼2013-11-25 17:14:33
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gasam

金虫 (小有名气)

引用回帖:
18楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-25 18:14:33
想到一种方法 就是先用GNU MP 做一个高精度的极短时间模拟 然后通过比较就能观察出来偏差主要从什么地方产生的了 不过想起来就挺麻烦 而且必须很慢……...

这是什么方法?我相关资料吗

[ 发自小木虫客户端 ]
19楼2013-11-26 09:17:45
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