9楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-11-22 13:49:31
开源的程序可以自由修改，没有版权问题。难道你不知道lammps, dl_poly, gromacs, ……？...

6楼: Originally posted by gasam at 2013-11-21 21:24:39
100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol
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13楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 16:19:36
偏差略大，按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长，可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长？如果增加积分精度后还在这个数量级的话，应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步 ...

14楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 07:32:25
我写的是基于bond order，积分步长比较小，0.05fs,10万step,我也觉得误差有点大，我推了下理论值要是再小十分之一就在合理范围内。但是我感觉用了cutoff后nve本身能量就应该不是水平的，应该是有点略微下降，不知道 ...

11楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 13:09:52
最关键是老师逼我自己写，说不准用那些开源的
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15楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 23:06:44
上升或下降取决于你cutoff了什么项以及分子怎么运动。如果实在需要更高精度只好不做cutoff或者提升cutoff threshold再算一次试试了。...

17楼: Originally posted by gasam at 2013-11-23 12:18:20
好的，谢了啊
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18楼: Originally posted by yaozhq at 2013-11-25 18:14:33
想到一种方法 就是先用GNU MP 做一个高精度的极短时间模拟 然后通过比较就能观察出来偏差主要从什么地方产生的了 不过想起来就挺麻烦 而且必须很慢……...