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gasam

金虫 (小有名气)

[交流] 分子动力学能量守恒的相关问题 已有5人参与

小弟最近在编分子动力学的程序,在测试NVE能量守恒的时候出现偏移,想咨询下各位专家,这个偏移造成的原因?
自己考虑会不会是因为potential用了cutoff后,能量有误差?希望大家能指点下小弟。。。。。  用了cutoff后能量是会有点下降?还是上升?还是不变?
如果不变的话,那个偏移会是什么造成的?我确认了力的式子之类的,都没发现错误。。。。
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virtualzx

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-11-23 09:51:29
引用回帖:
14楼: Originally posted by gasam at 2013-11-22 07:32:25
我写的是基于bond order,积分步长比较小,0.05fs,10万step,我也觉得误差有点大,我推了下理论值要是再小十分之一就在合理范围内。但是我感觉用了cutoff后nve本身能量就应该不是水平的,应该是有点略微下降,不知道 ...

上升或下降取决于你cutoff了什么项以及分子怎么运动。如果实在需要更高精度只好不做cutoff或者提升cutoff threshold再算一次试试了。
15楼2013-11-22 22:06:44
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virtualzx

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-22 15:33:59
cutoff肯定会有误差。在相同量纲下力应该等于能量导数的相反数,你用比较高阶的方法求一下数值导数,看是不是和你的力吻合得足够好。这个偏差就会导致能量不守恒
2楼2013-11-22 02:15:52
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gasam

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2013-11-22 03:15:52
cutoff肯定会有误差。在相同量纲下力应该等于能量导数的相反数,你用比较高阶的方法求一下数值导数,看是不是和你的力吻合得足够好。这个偏差就会导致能量不守恒

谢谢啊,但是cutoff引起的误差有没有什么规律啊,比如说比真实的能量大或者是小?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2013-11-22 07:53:06
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-22 15:34:05
干嘛自己编分子动力学程序?那么多现成的
4楼2013-11-22 09:05:35
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