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gasam

金虫 (小有名气)

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[交流] 分子动力学能量守恒的相关问题已有5人参与

小弟最近在编分子动力学的程序，在测试NVE能量守恒的时候出现偏移，想咨询下各位专家，这个偏移造成的原因？
自己考虑会不会是因为potential用了cutoff后，能量有误差？希望大家能指点下小弟。。。。。用了cutoff后能量是会有点下降？还是上升？还是不变？
如果不变的话，那个偏移会是什么造成的？我确认了力的式子之类的，都没发现错误。。。。

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1楼 2013-11-21 20:54:15

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

virtualzx

木虫 (著名写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-22 15:37:54

引用回帖:

6楼: Originally posted by gasam at 2013-11-21 21:24:39
100000step
温度大概2200K，每个原子大概偏0.18Kcal/mol
...

偏差略大，按理说数值误差没有这么大。如果你用的是可变步长，可以尝试增加积分精度。你总的时间是多长？如果增加积分精度后还在这个数量级的话，应该就是截断造成的。我用大概25000项求和展开的势能计算2731858步之后的误差大概是你的十分之一左右。不过因为还要积分在个别点附近趋于无穷大的耦合项，我的步长很小，这么多步也只走了50ns，所以需要和你的时间尺度对比下。你可以尝试先不做截断进行计算，排除有bug的可能。

你是不是哪里不小心用单精度数了？