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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？

MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？ 例如向聚糖模拟体系中加NaOH，能否模拟出如下的基团水解的过程？
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1楼2012-04-20 09:52:47
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djz0924

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-21 19:02:00
wangyiyongwz: 金币+2 2012-04-25 09:07:01
应该可以的，具体我没做过但是我在一个教程里看到用DMOl3模块进行原子配对结束后运用LST/QST功能来搜索过渡态，进行里面的参数设置可以播放其中的动画演示效果。我想你说的跟它的原理差不多吧！
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2楼2012-04-21 10:58:25
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by djz0924 at 2012-04-21 10:58:25:
应该可以的，具体我没做过但是我在一个教程里看到用DMOl3模块进行原子配对结束后运用LST/QST功能来搜索过渡态，进行里面的参数设置可以播放其中的动画演示效果。我想你说的跟它的原理差不多吧！

我想问：如果把 比如说HCL和NaOH放在周期边界条件水溶液中，运行分子动力学模拟，它们能自己反应吗？如果不能要怎样操作才能反应？
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3楼2012-04-25 09:06:37
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sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-25 11:42:40
wangyiyongwz: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-26 10:09:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-25 09:06:37:
我想问：如果把 比如说HCL和NaOH放在周期边界条件水溶液中，运行分子动力学模拟，它们能自己反应吗？如果不能要怎样操作才能反应？

经典MD模拟不了化学反应的。你选择量化的模块吧。想模拟水环境你可以选择使用溶剂化模型，DMOL里有，或者直接加几个真实水分子，具体看相关文献。
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4楼2012-04-25 09:18:09
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sikasun at 2012-04-25 09:18:09:
经典MD模拟不了化学反应的。你选择量化的模块吧。想模拟水环境你可以选择使用溶剂化模型，DMOL里有，或者直接加几个真实水分子，具体看相关文献。

还想问一下：用DMOL处理后还能运行分子动力学模拟吗？
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5楼2012-04-26 10:11:42
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未央于一

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-09-23 18:03:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-26 10:11:42
还想问一下：用DMOL处理后还能运行分子动力学模拟吗？...

当然可以啦，你在DMol3中直接处理然后计算时直接设置溶剂为水就行
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6楼2012-09-23 15:55:59
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sdnu88

新虫 (初入文坛)
我顶个帖子吧。
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7楼2012-09-23 17:38:09
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essica7

金虫 (小有名气)
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8楼2014-10-27 16:45:54
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