应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？
81/1返回列表
查看: 1924  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？

MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？ 例如向聚糖模拟体系中加NaOH，能否模拟出如下的基团水解的过程？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟相关的

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-04-20 09:52:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

djz0924

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-21 19:02:00
wangyiyongwz: 金币+2 2012-04-25 09:07:01
应该可以的，具体我没做过但是我在一个教程里看到用DMOl3模块进行原子配对结束后运用LST/QST功能来搜索过渡态，进行里面的参数设置可以播放其中的动画演示效果。我想你说的跟它的原理差不多吧！
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-21 10:58:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by djz0924 at 2012-04-21 10:58:25:
应该可以的，具体我没做过但是我在一个教程里看到用DMOl3模块进行原子配对结束后运用LST/QST功能来搜索过渡态，进行里面的参数设置可以播放其中的动画演示效果。我想你说的跟它的原理差不多吧！

我想问：如果把 比如说HCL和NaOH放在周期边界条件水溶液中，运行分子动力学模拟，它们能自己反应吗？如果不能要怎样操作才能反应？
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-25 09:06:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sikasun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-25 11:42:40
wangyiyongwz: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-26 10:09:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-25 09:06:37:
我想问：如果把 比如说HCL和NaOH放在周期边界条件水溶液中，运行分子动力学模拟，它们能自己反应吗？如果不能要怎样操作才能反应？

经典MD模拟不了化学反应的。你选择量化的模块吧。想模拟水环境你可以选择使用溶剂化模型，DMOL里有，或者直接加几个真实水分子，具体看相关文献。
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-25 09:18:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sikasun at 2012-04-25 09:18:09:
经典MD模拟不了化学反应的。你选择量化的模块吧。想模拟水环境你可以选择使用溶剂化模型，DMOL里有，或者直接加几个真实水分子，具体看相关文献。

还想问一下：用DMOL处理后还能运行分子动力学模拟吗？
赞一下 回复此楼
5楼2012-04-26 10:11:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

未央于一

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-09-23 18:03:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-26 10:11:42
还想问一下：用DMOL处理后还能运行分子动力学模拟吗？...

当然可以啦，你在DMol3中直接处理然后计算时直接设置溶剂为水就行
赞一下 回复此楼
6楼2012-09-23 15:55:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdnu88

新虫 (初入文坛)
我顶个帖子吧。
回复此楼
7楼2012-09-23 17:38:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

essica7

金虫 (小有名气)
顶一下帖子
回复此楼
8楼2014-10-27 16:45:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangyiyongwz 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭