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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？

MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？ 例如向聚糖模拟体系中加NaOH，能否模拟出如下的基团水解的过程？
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1楼2012-04-20 09:52:47
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by djz0924 at 2012-04-21 10:58:25:
应该可以的，具体我没做过但是我在一个教程里看到用DMOl3模块进行原子配对结束后运用LST/QST功能来搜索过渡态，进行里面的参数设置可以播放其中的动画演示效果。我想你说的跟它的原理差不多吧！

我想问：如果把 比如说HCL和NaOH放在周期边界条件水溶液中，运行分子动力学模拟，它们能自己反应吗？如果不能要怎样操作才能反应？
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3楼2012-04-25 09:06:37
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sikasun at 2012-04-25 09:18:09:
经典MD模拟不了化学反应的。你选择量化的模块吧。想模拟水环境你可以选择使用溶剂化模型，DMOL里有，或者直接加几个真实水分子，具体看相关文献。

还想问一下：用DMOL处理后还能运行分子动力学模拟吗？
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5楼2012-04-26 10:11:42
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